结论：股东损害公司利益时，公司不能直接限制其股东权利，但可以通过法律途径追究其责任，并在特定情况下通过公司章程或股东会决议对其权利进行合理限制。以下从不同角度进行详细分析：

一、股东权利的法定性与不可随意剥夺性

股东权利是股东基于其出资而享有的对公司的一系列权利，包括但不限于表决权、分红权、知情权等。这些权利是股东作为公司所有者的基本权益，受到法律的保护，公司不能随意剥夺或限制。根据《公司法》的相关规定，股东权利的行使应当遵循法律、行政法规和公司章程的规定，但并未赋予公司直接限制股东权利的权力。

二、股东损害公司利益的法律责任

当股东损害公司利益时，其应当承担相应的法律责任。这包括但不限于：

1. 赔偿责任：如果股东的行为给公司造成了经济损失，公司有权要求其承担赔偿责任。这是基于侵权责任或违约责任的原则，股东应当对其过错行为负责。
2. 股东代表诉讼：在特定情况下，如公司董事、监事、高级管理人员等侵害公司利益，而公司又怠于行使诉权时，符合条件的股东可以代表公司提起诉讼，追究相关责任人的法律责任。

三、通过公司章程或股东会决议限制股东权利的特定情况

虽然公司不能直接限制股东权利，但在特定情况下，可以通过公司章程或股东会决议对股东权利进行合理限制。这通常发生在以下情形：

1. 公司章程的预先规定：公司章程是公司的“宪法”，其中可以规定股东权利的行使方式、限制条件等。如果股东在加入公司时同意并签署了公司章程，那么其就应当遵守章程中的相关规定。例如，公司章程可以规定，在股东存在损害公司利益行为时，公司有权暂停其分红权或表决权等。但需要注意的是，这种限制应当合理且合法，不能违反法律法规的强制性规定。
2. 股东会决议的合法限制：在股东会中，如果经过合法程序（如出席会议的股东所持表决权过半数通过）通过了限制某股东权利的决议，且该决议内容合法、不损害其他股东利益、不违反公司章程或法律法规的强制性规定，那么该决议是有效的。但这种情况较为特殊，且需要严格遵守法律程序和规定。

四、实际操作中的注意事项

1. 合法性与合理性：任何对股东权利的限制都必须基于合法和合理的理由。公司不能仅凭主观臆断或恶意就限制股东权利。
2. 程序正当性：如果需要通过公司章程或股东会决议来限制股东权利，必须确保程序的正当性。这包括通知股东参加会议、提供充分的讨论时间、确保决议的通过程序合法等。
3. 避免滥用权力：公司在行使对股东权利的限制时，应当避免滥用权力或损害股东的合法权益。否则，可能会引发新的法律纠纷或争议。

建议：如果公司发现股东存在损害公司利益的行为，应当首先通过法律途径追究其责任，如要求赔偿损失或提起股东代表诉讼等。同时，也可以考虑通过修改公司章程或召开股东会决议等方式，在合法和合理的范围内对股东权利进行适当限制。但无论如何，都必须确保程序的正当性和内容的合法性。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。