结论：股东损害公司利益时，一般不能直接限制其派出董事、总经理的资格，但可以通过公司内部治理机制或法律途径进行间接限制或追责。以下从不同角度进行详细分析：
一、公司内部治理机制的角度
公司章程与股东协议：
- 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本制度和治理结构。如果公司章程或股东协议中明确规定了股东损害公司利益时的处理措施，包括限制其派出董事、总经理的资格，那么这些规定在合法合规的前提下是有效的。
- 然而，如果公司章程或股东协议中没有此类规定，或者规定不够明确，那么就不能直接依据这些文件来限制股东的派出权。
股东会与董事会的决议：
- 股东会作为公司的最高权力机构，有权对公司的重大事项进行决策。如果股东损害公司利益的行为被股东会认定为严重违反公司章程或股东协议，股东会可以作出决议，要求该股东撤回其派出的董事或总经理。
- 董事会作为公司的执行机构，也有权对公司的日常经营进行管理。如果董事会认为某股东派出的董事或总经理的行为损害了公司利益，董事会可以提出罢免建议，并提交股东会审议。但董事会本身无权直接罢免董事或总经理，除非得到股东会的授权或公司章程另有规定。
二、法律途径的角度
股东代表诉讼：
- 如果股东损害公司利益的行为构成了对公司权益的侵害，且公司内部治理机制无法有效解决，其他股东可以依据《公司法》的相关规定，提起股东代表诉讼，要求该股东承担赔偿责任。
- 在股东代表诉讼中，虽然不能直接限制股东派出董事、总经理的资格，但可以通过追究其法律责任的方式，间接对其形成压力，促使其改正行为或撤回派出的人员。
公司解散与清算：
- 在极端情况下，如果股东损害公司利益的行为严重到导致公司无法继续经营，其他股东可以依据《公司法》的规定，提起公司解散之诉。
- 在公司解散后，进行清算时，可以对损害公司利益的股东进行追责，包括要求其赔偿损失等。但这种方式显然过于极端，且会对公司和其他股东造成较大的损失，因此应谨慎使用。
三、实际操作中的建议
- 完善公司章程与股东协议：在公司设立或运营过程中，应充分考虑可能出现的股东损害公司利益的情况，并在公司章程或股东协议中明确规定相应的处理措施。
- 加强内部监督与制衡：建立健全的公司内部监督机制，如设立监事会或独立董事等，对股东派出的董事、总经理的行为进行监督和制衡。
- 及时寻求法律帮助：一旦发现股东有损害公司利益的行为，应及时咨询专业律师，了解自身的权利和义务，并采取合适的法律措施进行维权。
总结来说，股东损害公司利益时，不能直接限制其派出董事、总经理的资格，但可以通过公司内部治理机制或法律途径进行间接限制或追责。在实际操作中，应综合考虑各种因素，选择最合适的处理方式。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。