约定由各自注册地法院管辖，在一般情况下是明确的。以下从多个角度进行分析：

法律条款依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。” 这里的“原告住所地”可以理解为原告的注册地（对于法人或其他组织而言），因此，双方约定由各自注册地法院管辖，在法律上是被允许的，且这种约定是明确的，因为它直接指定了具体的管辖法院。

明确性的判断标准

1. 地域明确性：注册地是一个具体、明确的地域概念，每个法人或其他组织都有其唯一的注册地。因此，约定由各自注册地法院管辖，在地域上是明确的。
2. 法院级别明确性：虽然条款中未直接涉及法院级别，但通常这种约定会隐含地指向基层人民法院（除非双方特别约定由中级人民法院或高级人民法院管辖）。在大多数情况下，这种隐含的级别指向也是明确的，因为基层人民法院是处理大多数民事纠纷的常规法院。不过，为了更严谨，双方可以在协议中明确指定法院的级别。
3. 无歧义性：该约定不存在歧义，双方都能清晰理解其含义，即一旦发生纠纷，应由各自注册地的法院进行管辖。

可能的例外情况

尽管约定由各自注册地法院管辖在一般情况下是明确的，但也存在一些例外情况可能导致管辖不明确：

1. 注册地变更：如果在纠纷发生前，一方或双方的注册地发生了变更，且双方未就新的注册地重新约定管辖法院，那么原约定可能因注册地变更而变得不明确。
2. 多注册地情况：对于某些法人或其他组织，可能存在多个注册地（如分公司、子公司等）。在这种情况下，如果双方未明确指定是哪个注册地，也可能导致管辖不明确。
3. 违反级别管辖或专属管辖：如果双方的约定违反了法律对级别管辖或专属管辖的规定（如约定由基层人民法院管辖应由中级人民法院管辖的案件），那么该约定将被视为无效，此时管辖法院将按照法律规定确定，而非按照双方约定。

法律建议

为了确保约定的明确性和有效性，双方在签订合同时可以采取以下措施：

1. 明确注册地：在合同中明确双方各自的注册地，并约定一旦注册地发生变更，应及时通知对方并重新约定管辖法院。
2. 考虑多注册地情况：如果一方或双方存在多个注册地，应在合同中明确指定是哪个注册地作为管辖法院的依据。
3. 遵守级别管辖和专属管辖规定：确保双方的约定不违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。

若您在签订合同时或后续执行过程中遇到任何关于诉讼管辖的法律问题，可以直接向我咨询。