在交通事故中，车主负次要责任时，保险公司免赔额的计算需结合保险合同条款、事故责任比例及实际损失情况综合确定。以下是具体分析：

1. 免赔额的确定依据
   免赔额通常由保险合同明确约定，分为绝对免赔额和相对免赔额两种形式：
   

• 绝对免赔额：保险公司仅对超过免赔额的部分按责任比例赔付。例如，合同约定免赔额为1000元，医疗费总额为5000元，则保险公司仅对4000元部分按次要责任比例（如30%）赔付，即最终赔付1200元。
  
• 相对免赔额：若损失超过免赔额，保险公司全额赔付；未超过则不赔。但此类条款在车险中较少见，需以合同为准。
  

1. 次要责任下的赔付比例
   根据《道路交通安全法》及司法实践，次要责任通常承担30%的赔偿责任（具体比例可能因地区或事故情况调整）。保险公司赔付时需先扣除免赔额，再按责任比例计算：
   计算公式：
   [ \text{保险公司赔付金额} = (\text{医疗费总额} - \text{免赔额}) \times \text{次要责任比例（如30%）} ]

2. 特殊情形说明

• 免赔额条款无效情形：若保险公司未对免赔额条款履行明确说明义务（如未加粗提示或口头告知），该条款可能被认定为无效，保险公司需全额赔付后按责任比例追偿。
  
• 第三方垫付医疗费：若车主或保险公司已垫付部分费用，赔付时需扣除已支付部分，避免重复获赔。
  
• 医保外用药争议：若医疗费包含医保外药品，保险公司可能主张免赔，但若车主投保了“医保外医疗费用责任险”，则需另行赔付。
  

建议：

1. 立即查阅保险合同中的“免赔额”及“责任比例”条款，确认具体约定；
   
2. 保留所有医疗费发票、诊断证明及事故责任认定书，作为索赔依据；
   
3. 若对保险公司计算结果有异议，可要求其出具详细赔付清单，或通过诉讼途径解决。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。