关于您提出的“借用妹妹户口申请宅基地是否合法”的问题，这涉及到我国宅基地管理制度的相关规定，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确宅基地的分配原则。根据我国《土地管理法》及其实施条例，宅基地的分配是以“一户一宅”为基本特征的，即符合条件的农村村民有权以户为单位申请宅基地，且每户只能拥有一处宅基地。这一制度设计旨在确保农民户有所居，同时防止宅基地的滥用和浪费。

接下来，我们分析借用他人户口申请宅基地的合法性。宅基地的申请应当基于申请人的真实身份和户籍情况，且申请人必须符合宅基地的申请条件。如果您借用妹妹的户口来申请宅基地，这实际上是在冒用他人的身份信息，违反了宅基地申请的真实性原则。此外，即使您与妹妹有亲属关系，但宅基地的分配是基于户为单位，而非个人，因此您不能通过借用妹妹的户口来规避宅基地的申请条件。

进一步地，借用他人户口申请宅基地还可能涉及其他法律问题。例如，如果宅基地申请成功后，您在该宅基地上建造了房屋，那么该房屋的所有权归属可能会引发争议。因为宅基地的使用权是基于妹妹的户口申请的，而房屋的建造可能涉及您的资金投入，这种情况下，房屋的所有权归属将变得复杂且难以确定。

此外，我国法律对宅基地的流转也有严格的规定。宅基地的使用权不得非法转让、出租或抵押，且宅基地上的房屋也受到相应的限制。如果您借用妹妹的户口申请宅基地后，试图将宅基地或房屋进行非法流转，那么您将面临法律制裁的风险。

综上所述，借用妹妹户口申请宅基地是不合法的。宅基地的申请应当基于申请人的真实身份和户籍情况，且必须符合宅基地的申请条件。如果您有申请宅基地的需求，建议您按照正规程序向当地农村集体经济组织或相关部门提出申请，并遵守相关法律法规的规定。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。