结论前置：撤销资质证书的决定，若当事人认为该具体行政行为侵犯其合法权益，是可以申请行政复议的。
一、可以申请行政复议的情况
符合行政复议受案范围：
- 撤销资质证书的行为，若属于行政机关作出的具体行政行为，且该行为侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益，那么该行为就符合行政复议的受案范围。例如，行政机关因错误判断或不当程序撤销了某企业的资质证书，影响了企业的正常经营，企业有权申请行政复议。
存在法定复议情形：
- 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，对行政机关作出的有关证书变更、中止、撤销的决定不服的，属于可以申请行政复议的情形。因此，若当事人对撤销资质证书的决定不服，且认为该决定存在事实不清、证据不足、适用法律错误、违反法定程序或明显不当等情形，即可依法申请行政复议。
二、申请行政复议的流程
申请时间：
- 申请人应自知道该撤销资质证书的具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。若因不可抗力或其他正当理由耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。
申请方式：
- 申请人可以选择书面申请或口头申请。口头申请的，行政复议机关应当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、主要事实、理由和时间。书面申请的，可通过当面递交、邮寄或传真等方式提交复议申请。
受理机关：
- 对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，申请人可选择向该部门的本级人民政府或上一级主管部门申请行政复议。对海关、金融、税务、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，应向上一级主管部门申请行政复议。
申请内容：
- 在申请行政复议时，需明确复议请求，如要求撤销撤销资质证书的决定并恢复资质。同时阐述相关事实和理由，并提供必要的证据材料来支持主张。
三、后续法律救济途径
- 若行政复议机关对申请进行审理后作出的复议决定仍不能满足当事人的需求，当事人可依法向人民法院提起行政诉讼，进一步维护自己的合法权益。
四、不可以申请行政复议的情况
- 不属于行政复议受案范围：如果撤销资质证书的行为是行政机关的内部管理行为，如内部处理意见的调整，且未对当事人的合法权益产生实际影响，那么该行为通常不属于行政复议法规定的受案范围。
- 超过复议申请期限：若申请人未在法定期限内提出行政复议申请，且无正当理由，复议机关可能不予受理。
- 已通过其他合法途径解决：若撤销资质证书的问题已经通过行政诉讼等其他合法有效途径得到妥善解决，并且已有生效判决，则一般不能再申请行政复议。
举例说明：
假设某企业因违规操作被行政机关撤销了资质证书，但该企业认为行政机关的撤销决定存在事实不清、证据不足的问题，且撤销决定对其正常经营造成了严重影响。在此情况下，该企业可以在规定时间内向行政机关的上一级机关或本级人民政府申请行政复议，要求撤销撤销决定并恢复其资质。若行政复议未能满足其需求，该企业还可进一步提起行政诉讼来维护自己的权益。
综上所述，撤销资质证书的决定若当事人认为侵犯其合法权益，是可以申请行政复议的。在申请行政复议时，当事人需了解并遵循相关流程，以确保自己的合法权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。