结论前置：在执行程序终本后达成新的和解协议并重新起诉时，原则上可以同时起诉本金和违约金，但具体是否应同时起诉，需结合和解协议内容、原合同约定及实际履行情况等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、从和解协议的法律性质角度分析

和解协议是双方当事人在执行程序终本后，就原债务的履行重新达成的协议，具有独立的法律效力。若和解协议中明确约定了本金和违约金的支付方式、期限等，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该和解协议对双方均具有约束力。在此情况下，原告在起诉时，可以依据和解协议的约定，同时起诉要求被告支付本金和违约金。

二、从原合同与和解协议的关系角度分析

1. 和解协议未变更原合同关于本金和违约金的约定：

   • 若和解协议仅是对原合同的履行方式、期限等进行了变更，而未对本金和违约金的约定进行变更，那么原合同中关于本金和违约金的约定仍然有效。在此情况下，原告在起诉时，可以依据原合同的约定，同时起诉要求被告支付本金和违约金。

2. 和解协议变更了原合同关于本金或违约金的约定：

   • 若和解协议对原合同中关于本金或违约金的约定进行了变更，那么应以和解协议的约定为准。在此情况下，原告在起诉时，应依据和解协议的约定，起诉要求被告支付变更后的本金或违约金。若和解协议同时变更了本金和违约金的约定，则应同时起诉变更后的本金和违约金。

三、从实际履行情况角度分析

1. 被告已部分履行和解协议：

   • 若被告已按照和解协议的约定部分履行了支付本金或违约金的义务，那么原告在起诉时，应扣除被告已履行的部分，仅起诉要求被告支付剩余的本金和违约金。

2. 被告未履行和解协议：

   • 若被告未按照和解协议的约定履行支付本金和违约金的义务，那么原告在起诉时，可以依据和解协议的约定，同时起诉要求被告支付全部的本金和违约金。

四、法律建议

1. 仔细审查和解协议内容：

   • 在起诉前，原告应仔细审查和解协议的内容，明确和解协议中关于本金和违约金的约定，以及原合同中关于本金和违约金的约定是否被变更。

2. 收集证据材料：

   • 原告应收集与案件相关的证据材料，如和解协议、原合同、履行情况证明等，以支持自己的诉讼请求。

3. 咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：若您在处理此类案件时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。

综上所述，执行程序终本后达成新的和解协议并重新起诉时，是否应同时起诉本金和违约金，需结合和解协议内容、原合同约定及实际履行情况等因素综合判断。