结论：与分公司有仲裁协议时，总公司是否作为被申请人，需根据具体情况判断，主要取决于仲裁协议的约定、分公司的法律地位以及案件的具体事实。

分析如下：

1. 仲裁协议的约定：

   • 如果仲裁协议中明确约定了仅分公司为仲裁当事人，那么总公司通常不会被直接列为被申请人。仲裁协议是双方自愿达成的解决争议的方式，其约定具有法律约束力。
   • 如果仲裁协议中未明确排除总公司，或者约定了与分公司相关的争议可涉及总公司，那么在特定情况下，总公司可能被追加为被申请人。这通常取决于案件的具体事实和仲裁庭的裁决。

2. 分公司的法律地位：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。其民事责任由总公司承担，但这并不意味着在所有情况下总公司都会成为仲裁或诉讼的当事人。
   • 如果分公司以自己的名义签订合同并独立承担民事责任（在总公司授权范围内），且仲裁协议也是以分公司名义签订的，那么通常只将分公司列为被申请人。
   • 然而，如果分公司的行为超出了总公司的授权范围，或者总公司对分公司的行为承担连带责任，那么总公司可能因分公司的行为而被追加为仲裁当事人。

3. 案件的具体事实：

   • 案件的具体事实是决定总公司是否作为被申请人的关键因素。例如，如果争议涉及总公司的决策、管理或资金等，那么总公司很可能被追加为被申请人。
   • 另外，如果仲裁庭认为追加总公司为被申请人有助于查明案件事实或保护当事人的合法权益，也可能决定追加总公司为被申请人。

法律建议：

• 在签订仲裁协议时，应明确约定仲裁当事人的范围，以避免后续争议。
• 如果涉及分公司的争议，且可能涉及总公司，建议在仲裁协议中明确约定总公司的地位和责任。
• 在仲裁过程中，如果认为需要追加总公司为被申请人，应及时向仲裁庭提出申请，并提供相关证据和理由。

可能后果：

• 如果总公司被错误地列为被申请人，可能会给总公司带来不必要的法律风险和成本。
• 如果总公司未被列为被申请人，但实际应承担责任，那么总公司可能面临后续的法律诉讼或执行风险。

因此，在处理与分公司有仲裁协议的案件时，应谨慎分析案件事实和法律关系，以确定总公司是否应作为被申请人。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。