结论：社区医院开在小区底商，且医院窗户对着小区，楼上时常有消毒水味道的情况，是否合法需分情况讨论，主要取决于医院是否采取了有效的环保措施以及是否符合相关环保和规划要求。
分析如下：
环保法规角度：
- 根据《中华人民共和国环境保护法》及相关地方环保法规，任何产生异味、噪声、废水等污染物的单位或个人，都需要采取有效措施进行防治，确保不对周围环境造成污染。
- 如果社区医院在运营过程中产生的消毒水味道超出了国家或地方规定的排放标准，且未采取有效措施进行防治，那么这种行为就可能构成违法，居民有权向环保部门投诉，并要求医院进行整改。
规划许可角度：
- 社区医院开设在小区底商，需要符合当地的城市规划和商业布局要求。如果医院在开设时未经规划部门批准，或者其开设位置、规模等不符合规划要求，那么这种行为就可能构成违规。
- 此外，如果医院窗户对着小区，且其运营活动（如排放消毒水味道）对小区居民生活造成了实质性影响，居民也可以从规划许可的角度提出异议，要求相关部门进行审查和处理。
相邻权角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻权的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
- 如果社区医院的活动（如排放消毒水味道）对楼上居民的正常生活造成了干扰和损害，居民有权要求医院停止侵害、排除妨碍，并可能要求赔偿损失。
建议：
- 如果楼上居民认为社区医院的活动对其生活造成了影响，首先可以尝试与医院进行沟通协商，要求医院采取有效措施减少消毒水味道的排放。
- 如果沟通无果，居民可以向当地的环保部门或规划部门投诉，要求相关部门进行调查和处理。
- 在必要时，居民也可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如提起相邻权纠纷诉讼等。
后续行动提示：在处理此类问题时，建议居民保留好相关证据（如照片、视频、气味检测报告等），以便在需要时提供证明。同时，也可以咨询专业律师，以获取更具体和专业的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的解答。