公司开始查账发现被告挪用公司资金，这一行为通常是违法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、挪用公司资金行为的违法性
违反公司法规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司股东、董事、监事、高级管理人员等应当遵守法律、行政法规和公司章程，不得滥用职权损害公司利益。挪用公司资金显然属于滥用职权、损害公司利益的行为，因此是违法的。
可能构成刑事犯罪：
- 挪用公司资金如果数额较大、超过三个月未还，或者虽未超过三个月但数额较大、进行营利活动，或者进行非法活动的，可能构成挪用资金罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯挪用资金罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
二、挪用公司资金行为的法律后果
民事责任：
- 挪用公司资金的行为人需要承担返还资金、赔偿损失等民事责任。公司有权要求行为人立即归还被挪用的资金，并赔偿因挪用行为给公司造成的损失。
行政责任：
- 如果行为人同时是公司的董事、监事或高级管理人员，其挪用资金的行为还可能受到证券监管机构等行政部门的处罚，如罚款、市场禁入等。
刑事责任：
- 如前所述，如果挪用资金的行为构成犯罪，行为人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役等。
三、公司应对措施
立即查账并固定证据：
- 公司一旦发现资金被挪用，应立即进行查账，并固定相关证据，如银行流水、转账记录、相关合同或协议等。这些证据将对于后续追究行为人的法律责任至关重要。
与行为人协商：
- 在掌握充分证据后，公司可以尝试与行为人进行协商，要求其立即归还被挪用的资金，并赔偿损失。如果行为人愿意配合并承担责任，可以避免进一步的法律纠纷。
报警并提起诉讼：
- 如果行为人拒绝归还资金或赔偿损失，公司应及时向公安机关报案，并提起民事诉讼或刑事自诉，以维护自身的合法权益。
四、特殊情况考虑
- 如果行为人具有合法权限：在某些特殊情况下，行为人可能具有合法的资金调动权限。但这种情况通常非常有限，并且需要严格的内部审批程序和合规性审查。如果行为人未经合法程序擅自挪用资金，即使其具有某种职位或权限，也仍然构成违法。
建议：如果您发现公司资金被挪用，请立即采取行动，包括查账、固定证据、与行为人协商以及报警等。同时，您也可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。