结论前置：在父亲去世、母亲健在，且母亲和女儿放弃父亲房产遗产，由儿子继承的情况下，办理父亲遗产继承公证书，需遵循一定的法律程序和准备相应的材料。以下是详细的解答：

一、法律程序与材料准备

1. 确定房屋性质与份额：

   • 若房屋为父母婚姻关系存续期间购买，则视为夫妻共同财产。根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条和第一千一百五十三条，遗产分割时，应先分出母亲的一半份额，剩余一半作为父亲的遗产。
   • 若房屋为父亲的婚前个人财产，则整栋房屋均属于父亲的遗产。

2. 明确继承人范围：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百二十七条，第一顺序继承人包括配偶（即母亲）、子女、父母的父母（如果健在）。在本案例中，主要涉及母亲和子女作为继承人。

3. 放弃继承权声明：

   • 母亲和女儿需书写放弃继承权声明书，明确表示自愿放弃对父亲遗产的继承权利。声明书应包含身份信息、被继承人信息、声明内容（明确放弃继承权）、声明时间与签名等要素。
   • 声明书示例：

     
     放弃继承权声明书
     
     声明人（母亲/女儿）：XXX，性别：X，身份证号码：XXXXXXXXXXXXXXXXXX，住址：XXXXXXXXXXXXXXXX。
     
     被继承人（父亲）：XXX，性别：X，身份证号码：XXXXXXXXXXXXXXXXXX，去世时间：XXXX年XX月XX日。
     
     本人（声明人）在此郑重声明：本人自愿、无条件且不可撤销地放弃对被继承人XXX所有遗产（包括但不限于房产、存款、股票等）的继承权利。本声明是本人真实意思的表达，未受到任何欺诈、胁迫或其他不正当手段的影响。本人愿意承担由此产生的一切法律责任和后果。
     
     声明人（签字）：XXX
     日期：XXXX年XX月XX日
     

   • 考虑到地区法律规定的差异，建议在实际使用前咨询当地律师或法律专家，以确保声明书符合法律要求，并考虑进行公证以增强其法律效力。

4. 办理继承公证书：

   • 准备相关材料：包括死亡证明、身份证明、亲属关系证明、放弃继承权声明书（已公证或符合法律要求）、房产证等。
   • 到当地公证处申请办理继承公证书。公证处会审查提交的材料，并可能要求继承人到场确认或进行询问。
   • 缴纳公证费用，并等待公证处出具继承公证书。

二、特殊情况与注意事项

1. 遗嘱继承：

   • 如果父亲生前立有有效遗嘱，并明确指定了房屋或其份额的继承人，则按遗嘱执行。遗嘱继承优先于法定继承。
   • 在此情况下，仍需办理继承公证书，但需提交遗嘱作为证明材料。

2. 法定继承中的特殊情况：

   • 如果同一顺序继承人中有人生活困难或缺乏劳动能力，根据《中华人民共和国民法典》第一千一百三十条，分配遗产时应当予以照顾。
   • 如果继承人协商同意不均等分配遗产，也可以按照协商结果进行分配。但需确保所有继承人均同意并签署相关协议。

3. 房产过户：

   • 取得继承公证书后，需到当地房产管理部门办理房产过户手续。提交所需材料并填写表格，缴纳相关税费（如契税、印花税等），完成过户后领取新的房产证。

三、法律建议

• 在办理继承公证书前，建议咨询当地律师或法律专家，以确保所有程序符合法律要求，并避免潜在的法律纠纷。
• 如果涉及复杂的家庭关系或财产情况，建议寻求专业律师的协助，以确保继承过程的顺利进行。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。