结论：公司发现金，买房时开收入证明的合法性存疑且效用有限，具体分析如下：
一、合法性分析
收入证明的开具要求：
- 收入证明通常由用人单位出具，用于证明员工的收入情况，是购房贷款等金融活动中评估申请人还款能力的重要依据。
- 正规的收入证明应包含员工的姓名、身份证号、职位、收入情况、单位名称、单位地址、联系电话等信息，并加盖单位公章或人事章。
现金发放工资的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。虽然法律并未明确禁止以现金形式发放工资，但用人单位应当建立完善的工资支付记录，并保留相关凭证。
- 若公司长期以现金形式发放工资，且未建立规范的工资支付记录，可能面临劳动监察部门的处罚，并在劳动争议中承担不利后果。
收入证明与现金发放工资的关联：
- 若公司以现金形式发放工资，但在开具收入证明时却声称通过银行转账等方式支付，这可能构成虚假证明，不仅违反了诚信原则，还可能涉及伪造、变造公文、证件、证明文件等违法行为。
- 即使公司如实开具收入证明，但由于缺乏银行流水等客观证据支持，该证明的证明力也可能受到质疑。
二、效用分析
购房贷款审批：
- 银行在审批购房贷款时，会综合考虑申请人的收入情况、信用记录、负债情况等因素。收入证明是评估申请人还款能力的重要依据之一。
- 若公司以现金形式发放工资，且无法提供银行流水等客观证据支持收入证明的真实性，银行可能会对申请人的还款能力产生疑虑，从而影响贷款审批。
其他购房相关手续：
- 在购房过程中，除了贷款审批外，还可能涉及税费缴纳、产权登记等手续。这些手续通常也需要提供收入证明等材料。
- 若收入证明的真实性受到质疑，可能会影响这些手续的办理进度和结果。
三、建议
规范工资支付方式：
- 建议公司尽量采用银行转账等规范方式支付工资，并建立完善的工资支付记录。这样不仅可以提高收入证明的证明力，还可以避免劳动争议和法律风险。
如实开具收入证明：
- 若公司确实以现金形式发放工资，应在开具收入证明时如实说明支付方式，并尽可能提供其他客观证据（如员工签字确认的工资单、税务申报记录等）支持收入证明的真实性。
咨询专业律师：
- 若您在购房过程中遇到与收入证明相关的法律问题或疑虑，建议及时咨询专业律师。我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
总之，公司发现金时买房开收入证明的合法性存疑且效用有限。为了确保购房过程的顺利进行和自身权益的保障，建议您规范工资支付方式、如实开具收入证明，并在必要时咨询专业律师。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。