林权部门在林权抵押期间过户一般是不合法的，但存在特定例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的不合法性
根据《民法典》的相关规定，抵押期间，抵押人可以转让抵押财产，但应当及时通知抵押权人。抵押权人能够证明抵押财产转让可能损害抵押权的，可以请求抵押人将转让所得的价款向抵押权人提前清偿债务或者提存。转让的价款超过债权数额的部分归抵押人所有，不足部分由债务人清偿。然而，这一规定主要针对的是抵押人（即林权所有者）转让抵押财产的行为，并未直接涉及林权部门（即登记机关）在抵押期间的过户行为。
但进一步分析，林权抵押期间，抵押物（林权）的权属状态是受到限制的，即抵押物上设立了抵押权，这在一定程度上限制了抵押物的自由流转。林权部门作为登记机关，其职责之一是确保登记的准确性和合法性。在林权抵押期间，如果林权部门未经抵押权人同意，擅自办理过户手续，将抵押物转让给第三人，这很可能损害抵押权人的利益，因为抵押权人的优先受偿权可能因抵押物的转让而受到影响。因此，在未经抵押权人同意的情况下，林权部门在林权抵押期间办理过户手续，一般是不合法的。
二、特定例外情形
尽管一般情况下林权部门在林权抵押期间过户是不合法的，但也存在特定例外情形。例如：
抵押权人同意转让：如果抵押权人同意抵押人转让抵押物，并且双方就转让所得价款的清偿或提存等事项达成一致，那么林权部门在收到相关证明文件后，可以办理过户手续。
法律另有规定或当事人另有约定：如果法律另有规定或者抵押合同中另有约定，允许在抵押期间转让抵押物，并且符合相关条件，那么林权部门也可以办理过户手续。但这种情况较为少见，且需要严格符合法律或合同的规定。
三、法律后果与建议
如果林权部门在林权抵押期间未经抵押权人同意擅自办理过户手续，可能面临以下法律后果：
行政责任：林权部门可能因违反登记管理规定而受到行政处罚。
民事责任：如果因过户行为导致抵押权人利益受损，林权部门可能需要承担相应的民事赔偿责任。
建议：对于抵押人而言，在林权抵押期间如需转让抵押物，应事先征得抵押权人的同意，并按照法律规定或合同约定办理相关手续。对于林权部门而言，应严格审查抵押物的权属状态和抵押权人的意见，确保过户手续的合法性和准确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。