在工程合同纠纷起诉判决后，工程款的支付方式并非固定由败诉方直接支付给胜诉方，或者统一交由法院处理，而是根据具体情况和法院的判决来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、判决内容决定支付方式
直接支付：
- 如果法院在判决中明确要求败诉方直接向胜诉方支付工程款，那么败诉方就需要按照判决内容，直接将款项支付给胜诉方。
通过法院支付：
- 在某些情况下，法院可能会判决败诉方将工程款支付至法院指定的账户，再由法院转交给胜诉方。这种方式通常出现在需要确保款项安全、避免直接支付可能引发的纠纷等情形下。
二、执行程序中的支付方式
- 如果败诉方在判决生效后未主动履行支付义务，胜诉方可以向法院申请强制执行。
- 在执行程序中，法院有权采取多种措施来确保工程款的支付，包括但不限于冻结败诉方的银行账户、查封其财产等。
- 最终，工程款可能会通过法院的执行程序，从败诉方的财产中划拨给胜诉方。
三、特殊情况下的支付方式
- 存在担保或抵押：如果工程合同中存在担保或抵押条款，且担保物或抵押物足以覆盖工程款，那么胜诉方可能通过行使担保权或抵押权来获得工程款，而无需直接通过败诉方或法院支付。
- 第三方代付：在某些特殊情况下，如败诉方确实无力支付，但存在第三方愿意代为支付的情况，法院也可能根据具体情况，允许第三方代为支付工程款。
四、法律建议
- 仔细审查判决内容：胜诉方在收到判决后，应仔细审查判决内容，明确工程款的支付方式、支付期限等关键信息。
- 及时申请执行：如果败诉方未在判决规定的期限内履行支付义务，胜诉方应及时向法院申请强制执行，以确保自身权益得到保障。
- 关注执行进展：在执行过程中，胜诉方应密切关注执行进展，及时与法院沟通，了解款项支付情况。
如有任何关于工程合同纠纷或执行程序的具体问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。