工程款背书给承包人是否合法，需根据具体情况及背书行为的性质来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法背书的情况
票据背书转让的合法性：
- 如果工程款是以票据（如汇票、本票、支票）形式支付，且承包人作为票据的合法持有人，通过背书方式将票据权利转让给其他合法主体（如分包商、材料供应商等），这种背书行为是合法的。
- 票据背书需遵循《中华人民共和国票据法》的相关规定，包括背书连续、背书人签章真实有效、背书不得附有条件等。若满足这些条件，背书行为即具有法律效力。
债权转让的合法性：
- 在工程款支付过程中，若发包人与承包人之间存在明确的债权债务关系，且双方同意将工程款债权转让给第三方（如通过背书方式体现债权转让的意图），这种债权转让行为在符合《中华人民共和国民法典》关于债权转让的规定时，也是合法的。
- 债权转让需通知债务人（即发包人），且不得违反法律、行政法规的强制性规定或当事人之间的约定。
二、可能不合法的背书情况
虚构背书或伪造背书：
- 如果背书行为是虚构的，即实际上并未发生票据或债权的转让，或者背书人伪造了相关文件进行背书，这种行为显然是违法的，可能构成诈骗等犯罪行为。
背书违反法律法规或合同约定：
- 若背书行为违反了相关法律法规的强制性规定（如禁止票据贴现的规定），或者违反了当事人之间的合同约定（如禁止债权转让的条款），则这种背书行为可能是无效的或可撤销的。
背书行为损害他人利益：
- 如果背书行为是为了损害其他债权人的利益（如通过背书转移资产以逃避债务），或者背书行为本身存在欺诈、恶意串通等情形，这种背书行为也是不合法的。
三、法律建议
- 在进行工程款背书时，应确保背书行为的合法性：包括确认票据或债权的真实性、合法性，以及背书行为是否符合相关法律法规和合同约定。
- 建议咨询专业律师：由于工程款背书涉及复杂的法律关系和法律规定，建议在具体操作前咨询专业律师，以确保背书行为的合法性和有效性。
如有任何关于工程款背书或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。