针对违建合伙合同纠纷的处理，核心结论需分情况讨论，具体如下：
合同效力认定是关键前提
根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的合同无效。若合伙合同明确约定以违法建设（如未取得建设工程规划许可证的建筑）为经营标的，或合同目的直接指向违建开发、使用、收益，则合同自始无效。此时需通过法院或仲裁机构确认合同无效，后续处理以返还财产、折价补偿、赔偿损失为原则。
例如：甲乙签订合伙协议，约定共同出资建造并运营一处未取得规划许可的商铺，后因违建被拆除产生纠纷。此时合同因违反《城乡规划法》第64条而无效，双方需按过错比例分担建造成本损失。
合同部分无效的特殊情形
若合同中仅部分条款涉及违建（如约定违建部分的收益分配），而其他条款（如资金管理、风险分担）具有独立性，则可能适用《民法典》第156条，认定部分条款无效，不影响其他条款效力。此时需通过司法程序分割合同内容，保留有效部分继续履行。
例如：甲乙合伙协议约定“共同出资建设A项目（含违建部分），其中合法建筑收益按5:5分配，违建部分收益按7:3分配”。若违建部分被认定无效，则合法建筑收益分配条款仍有效，违建部分收益需按过错重新分配。
责任划分需结合过错程度
即使合同无效，双方仍需根据《民法典》第157条承担相应责任。若一方明知违建仍积极推动（如伪造审批文件），需承担主要过错责任；若双方均存在过错（如均未尽到审查义务），则按比例分担损失。
例如：甲提供虚假规划许可文件，乙未核实即出资建设，后违建被拆除。此时甲可能承担70%损失，乙承担30%。
行政处罚与民事赔偿的并行处理
违建可能引发行政处罚（如罚款、强制拆除），但行政责任与民事责任独立存在。即使行政机关已对违建作出处罚，当事人仍可就合伙合同纠纷提起民事诉讼，要求过错方赔偿损失。
例如：城管部门对违建商铺强制拆除后，合伙人仍可起诉要求对方赔偿因拆除导致的装修损失、经营损失等。
行动建议：
如有具体案情或证据材料，可直接向我咨询，我将结合细节进一步分析。