学校合并后校区出租的合法性需分情况讨论，核心取决于学校性质、出租用途及审批程序是否符合法律规定，具体分析如下：

1. 公立学校（财政拨款性质）
   根据《事业单位国有资产管理暂行办法》第二十四条，公立学校作为事业单位，其国有资产（包括校区）的出租需履行严格审批程序：

   • 审批主体：需经主管部门（如教育局）审核后，报同级财政部门批准；
     
   • 出租用途限制：出租用途需符合公共利益，例如用于教育相关产业或社区服务，若用于商业开发（如商场、酒店）可能因违反“非营利性”原则被认定为违法；
     
   • 程序瑕疵风险：若未履行审批程序或擅自改变用途，可能面临财政部门责令改正、没收违法所得，甚至对直接责任人员给予行政处分。

2. 民办学校（营利性/非营利性）

   • 非营利性民办学校：根据《民办教育促进法》第十九条，其资产属于社会公共资产，出租需参照公立学校程序报审批机关备案，且用途需符合教育公益属性；
     
   • 营利性民办学校：作为企业法人，其校区出租属于自主经营权范畴，但仍需遵守《民法典》中关于“建筑物租赁”的规定（如办理租赁登记、确保房屋安全等），若出租用途涉及教育资质要求（如开设分校），需另行取得办学许可。

3. 合并程序合法性前置条件
   无论学校性质，校区出租的合法性均以“合并程序合法”为前提：

   • 若合并未依法完成（如未履行《民办教育促进法》规定的清算程序或未办理变更登记），出租行为可能因主体资格瑕疵被认定为无效；
     
   • 合并后学校需及时办理资产权属变更登记，否则可能因“无权处分”导致租赁合同效力争议。

建议操作步骤：

1. 确认学校合并是否已完成法定程序（如登记机关变更登记）；
   
2. 根据学校性质（公立/民办营利性/民办非营利性）确定审批主体及流程；
   
3. 审查租赁合同条款（如用途、租金支付方式、违约责任）是否符合法律规定；
   
4. 办理租赁备案登记（依据《商品房屋租赁管理办法》第十四条）。
   

若涉及复杂情形（如合并纠纷、资产权属争议），可进一步提供具体信息，我将结合《民法典》《教育法》等法规为您制定合规方案。