关于招投标中设置不同级别荣誉得分是否合法的问题，需要分情况讨论，具体如下：

1. 若该评分标准在招标文件中明确且合理设定，通常合法

在招投标活动中，招标人有权根据项目的特点和需求，在招标文件中设定合理的评分标准，包括对企业荣誉的评分。这种评分标准的设定，旨在评估投标人的综合实力和信誉，确保选择到最合适的承包商。因此，如果招标文件中明确规定了国家级荣誉得3分、省级荣誉得2分、市级荣誉得1分的评分标准，并且这一标准与项目的特点和需求紧密相关，且没有违反法律法规的强制性规定，那么这种评分标准通常是合法的。

举例来说，如果一个大型基础设施建设项目，对承包商的技术实力、管理经验和信誉要求较高，那么招标人可能会更倾向于选择具有国家级荣誉的承包商。在这种情况下，设置不同级别荣誉的得分差异，可以视为一种合理的筛选机制。

1. 若评分标准存在歧视性或不公平性，则可能不合法

然而，如果评分标准的设定存在歧视性或不公平性，比如对某些地区或特定类型的荣誉给予不合理的加分，或者评分标准与项目的实际需求无关，那么这种评分标准就可能违反法律法规的公平、公正原则，从而被认定为不合法。

例如，如果招标文件规定只有特定地区的荣誉才能得分，或者对某些非相关领域的荣誉也给予加分，这就可能构成对其他投标人的不公平对待。此外，如果评分标准过于模糊或主观，缺乏明确的评判标准，也可能引发争议和质疑。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招投标活动应当遵循公平、公正、公开和诚实信用的原则。招标人设定的评分标准应当与项目的特点和需求紧密相关，且不得违反法律法规的强制性规定。

• 建议：作为投标人，在参与招投标活动时，应仔细阅读招标文件，了解评分标准的设定。如果认为评分标准存在不公平或不合理之处，可以向招标人提出质疑或投诉。同时，也可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果评分标准被认定为不合法，招标人可能需要重新设定评分标准并重新组织招投标活动。
• 对于已经中标的投标人，如果其中标是基于不合法的评分标准，那么其中标结果也可能被撤销或无效。

综上所述，招投标中设置不同级别荣誉得分是否合法，取决于评分标准的设定是否合理、公平且符合法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。