在辞退员工时，关于平均工资的计算，正常工作期间的工资发放应确保实发工资按时足额支付，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则通常以应发工资为基数。以下是对这一问题的详细分析：

一、正常工作期间的工资支付

根据《劳动合同法》及相关法律法规，员工被单位辞退时，单位应在解除劳动关系后的法定支付周期内，按时足额支付员工在被辞退前按照劳动合同约定的工资标准和工作天数应获得的工资，即实发工资。这是为了确保劳动关系的真正解除，避免后续纠纷。实发工资是劳动者实际到手的工资，它可能因个人所得税、社保公积金个人部分、缺勤扣款等因素而低于应发工资。

二、经济补偿金的计算基础

若因公司原因违法辞退员工，员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。关于经济补偿金中月工资的计算基础，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

1. 体现公平原则：按应发工资计算补偿能够更准确地反映劳动者的实际劳动贡献和企业的薪酬水平，从而确保补偿的公平性。
2. 保障劳动者权益：如果按实发工资计算补偿，可能会因为各种扣款导致劳动者获得的补偿金额偏低，无法充分保障其合法权益。
3. 符合法律精神：《劳动合同法》及相关法律法规的立法目的之一是保护劳动者的合法权益，因此按应发工资计算补偿更符合法律的精神和原则。

三、特殊情况下的处理

• 如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
• 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。

四、实际操作建议

• 为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
• 用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
• 如果单位未按时足额支付，员工有权向劳动监察大队投诉维权。

举例说明：假设员工小李的月应发工资为10000元，扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后实发工资为8000元。若公司违法辞退小李，需支付经济赔偿金时，应以10000元作为计算基数，而不是8000元。这样做既符合法律法规的规定，也更能体现对劳动者合法权益的保护。

综上所述，辞退员工的工资发放应确保正常工作期间的实发工资按时足额支付，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则应以应发工资为基数。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。