结论：按日累计违约金的计算是否适用三年时效，需根据具体情况判断，一般情况下适用三年诉讼时效，但起算点可能因合同约定或履行情况而有所不同。以下从不同角度详细分析：

一、基本诉讼时效规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定适用于大多数民事纠纷，包括涉及违约金支付的案件。因此，在一般情况下，按日计算的违约金请求权也适用三年的诉讼时效。

二、诉讼时效的起算点

诉讼时效的起算点对判断违约金是否计算三年至关重要，具体分为以下几种情况：

1. 约定履行期限的债权：

   • 诉讼时效从履行期限届满之日起开始计算。例如，如果合同中明确规定了违约金的支付期限，那么诉讼时效就从该期限届满之日起计算。若合同约定的违约金支付期限超过三年，则从期限届满之日起算三年诉讼时效；若未超过三年，则按实际期限计算。

2. 未约定履行期限的债权：

   • 对于没有约定履行期限的债务关系，如债务人未明确表示不履行债务，则一般认为债权人可随时要求履行，诉讼时效从债权人主张权利而债务人拒不履行义务时开始计算。但一旦债务人明确表示不履行，诉讼时效则从债务人表示不履行之日起算。在此情况下，按日计算的违约金诉讼时效可能从债权人主张权利或债务人表示不履行之日起算。

3. 分期履行的债权：

   • 如果合同是分期履行的，且各期债务具有独立性（即每期债务的履行互不影响），那么每一期的诉讼时效可以单独起算。这意味着，对于按日计算的违约金，如果每一天的违约金都可以视为一个独立的债务，那么每一天的违约金请求权都可能拥有独立的诉讼时效。然而，在实际操作中，法院可能会根据具体情况综合考虑，避免当事人通过分割债务来规避诉讼时效的限制。

三、特殊情况下的诉讼时效中断与重新计算

在诉讼时效期间内，如果发生法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等），诉讼时效会中断并重新计算。这有助于保护权利人的合法权益，防止因时效过期而丧失胜诉权。因此，如果按日计算的违约金在三年诉讼时效期间内发生诉讼时效中断的情形，则诉讼时效会重新计算。

四、实际案例中的考量因素

在具体案件中，法院会根据合同约定、双方当事人的行为以及公平原则等因素综合判断诉讼时效的起算点和是否适用特殊规则。例如，如果合同中明确规定了违约金的支付方式和期限，那么法院通常会按照合同约定来确定诉讼时效的起算点。因此，在判断按日累计违约金是否计算三年时，需结合合同具体条款和实际情况进行综合分析。

建议：若您面临按日累计违约金计算时效的问题，建议首先审查合同条款，明确违约金的支付期限和方式；其次，关注诉讼时效的起算点和中断情形；最后，如有必要，及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。您可以直接向我咨询相关问题，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。