特种设备操作证被公司扣押，是可以补办的。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从证件补办的角度：特种设备操作证遗失或者损毁的，持证人应当及时向原发证机关申请补发。公司扣押你的证件并不影响你按照正常流程向发证机关提出补办申请。你需要准备相关的身份证明、申请表等材料，按照发证机关的要求办理补办手续。
2. 从公司扣押证件的合法性角度：公司扣押你的特种设备操作证是没有法律依据的，这种行为侵犯了你的合法权益。特种设备操作证是你个人通过合法考试和程序取得的，其所有权归你个人所有，公司无权扣押。如果公司以不正当理由扣押你的证件，你可以与公司进行协商，要求其归还；协商不成的，你可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司改正，并可能对公司进行相应的处罚。在证件被扣押期间，如果你因为证件缺失而无法正常工作或者遭受其他损失，你还可以要求公司进行赔偿。

在处理这类问题时，建议你先尝试与公司友好沟通，明确表达你的诉求和依据；如果沟通无果，再考虑通过法律途径维护自己的权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。