结论前置：公司三分之二表决解除合同，小股东不同意，是否侵害小股东利益，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：

1. 公司章程与股东协议的约定

   • 若公司章程或股东协议中有明确规定：关于解除合同需要何种比例的股东同意，那么应优先遵循这些内部规定。如果规定解除合同需要三分之二以上表决权通过，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照此规定执行，即使小股东不同意，也不构成对小股东利益的侵害。因为股东在加入公司或签订股东协议时，已经同意了这些条款，应视为其自愿接受了相应的约束。
   • 若公司章程或股东协议中无明确规定：则需进一步依据法律法规来判断。

2. 法律法规的规定

   • 根据《公司法》及相关司法解释：对于公司重大事项的决策，通常要求有一定比例的表决权通过。但具体到解除合同这一事项，法律法规并未明确规定必须达到何种表决比例。因此，在缺乏公司章程或股东协议具体规定的情况下，解除合同的表决比例可能更多地依赖于公司内部的决策机制或股东之间的协商。
   • 若解除合同的行为违反了法律法规的强制性规定：如损害了国家、集体或第三人的利益，那么无论表决比例如何，该行为都是无效的，且可能构成对包括小股东在内的所有股东利益的侵害。

3. 小股东利益的保护

   • 从保护小股东利益的角度出发：即使解除合同的行为在程序上符合公司章程或股东协议的规定，但如果该行为实质上损害了小股东的利益（如导致公司资产大幅减少、影响小股东的分红权等），那么小股东仍有权通过法律途径维护自己的权益。例如，小股东可以提起股东代表诉讼，要求公司或相关责任人赔偿损失。
   • 另外，如果解除合同的行为是基于大股东的滥用权利或恶意串通等行为，那么该行为也可能构成对小股东利益的侵害。在这种情况下，小股东同样有权寻求法律救济。

4. 实际操作中的建议

   • 对于公司而言：在制定公司章程或股东协议时，应明确规定解除合同等重大事项的决策程序和表决比例，以避免后续纠纷。同时，在做出解除合同等重大决策时，应充分考虑所有股东的利益，确保决策的公正性和合理性。
   • 对于小股东而言：如果认为解除合同的行为可能损害自己的利益，应及时与公司或其他股东进行沟通协商，寻求妥善解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。

总结来说，公司三分之二表决解除合同，小股东不同意，是否侵害了小股东利益，需结合公司章程、股东协议以及法律法规的规定来判断。在缺乏具体规定的情况下，应更注重保护小股东的实质利益，避免大股东滥用权利或恶意串通等行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。