结论：要撰写一份既证明还款事实，又能确保车辆不被妻子主张为夫妻共同财产的证明，关键在于明确款项性质、用途及双方的真实意思表示，并建议通过书面协议、转账备注、第三方见证等多种方式来增强证明力。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、明确款项性质与用途
款项性质：首先，需要明确这笔车款是用于偿还之前借给“小三”的款项，而非赠与或投资。这要求有明确的借款记录或证据，如借条、转账记录等，以证明双方之间存在借贷关系。
用途说明：在还款证明中，应详细说明这笔款项的具体用途，即用于购买车辆，并明确车辆的所有权归属。这有助于避免未来可能出现的争议。
二、撰写还款证明的关键要素
双方信息：证明中应包含借款人和还款人的基本信息，包括姓名、身份证号码等，以确保身份明确无误。
借款与还款事实：详细描述借款的时间、金额、方式以及还款的时间、金额、方式。特别是要强调还款是用于购买车辆，并注明车辆的相关信息（如品牌、型号、车牌号等）。
车辆所有权声明：明确声明车辆的所有权归属，即车辆归还款人所有，而非夫妻共同财产。这可以通过在证明中加入“车辆所有权归还款人个人所有，与妻子无关”等条款来实现。
双方签字与日期：证明必须由借款人和还款人双方签字，并注明签署日期。这有助于证明双方对证明内容的认可和接受。
三、增强证明力的建议
书面协议：除了还款证明外，建议双方签订一份书面协议，进一步明确借款、还款及车辆所有权等事项。书面协议具有更高的法律效力，能够更好地保护双方的权益。
转账备注：在进行还款转账时，建议在转账备注中注明“还款用于购买车辆”等字样。这有助于证明款项的具体用途，增强证明力。
第三方见证：如果可能的话，可以邀请第三方作为见证人，在还款证明或书面协议上签字。第三方见证可以增加证明的真实性和可信度。
四、法律风险提示
夫妻共同财产风险：如果车辆被认定为夫妻共同财产，那么妻子在离婚时可能有权要求分割。因此，在撰写还款证明时，必须明确车辆的所有权归属，以避免这一风险。
证据保全：为了确保还款证明的有效性，建议将相关证据（如借条、转账记录、还款证明等）进行妥善保管。必要时，可以进行公证或律师见证，以增强证据的证明力。
法律咨询：由于涉及复杂的法律关系和权益保护问题，建议在撰写还款证明前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
最后，如果你在撰写还款证明或处理相关法律问题时遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。