建设工程合同在特定条件下可以约定管辖法院，但必须严格遵守相关法律规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”这一规定为建设工程合同中约定管辖提供了明确的法律依据。
二、具体规定与适用
建设工程施工合同纠纷：
- 因其涉及不动产，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款的规定，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，即由不动产（即建设工程）所在地人民法院专属管辖。
- 在此情况下，当事人不能通过约定改变专属管辖，即不能约定由其他法院管辖建设工程施工合同纠纷。
建设工程勘察、设计等非施工类合同纠纷：
- 这些纠纷不属于专属管辖范畴。
- 当事人可以在不违反级别管辖等规定的前提下，按照《民事诉讼法》第三十五条的协议管辖规则，书面约定管辖法院。约定的管辖法院应明确、具体，且与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地、合同签订地等。
三、约定管辖的注意事项
- 书面形式：约定管辖必须以书面形式进行，口头约定无效。这有助于确保双方对管辖法院的约定有明确的记录，避免后续产生争议。
- 与争议有实际联系：约定的管辖法院必须与争议有实际联系，以确保法院对案件有管辖权，并能够高效地处理纠纷。
- 不违反级别管辖和专属管辖：约定的管辖法院不能违反民事诉讼法对级别管辖和专属管辖的规定。例如，对于建设工程施工合同纠纷，必须由不动产所在地法院管辖，不能通过约定改变这一规定。
四、实践中的建议
- 明确约定：在建设工程合同中，双方应尽可能明确地约定管辖法院，特别是对于非施工类合同纠纷，以避免后续产生不必要的争议。
- 考虑合同类型：在约定管辖时，应充分考虑合同类型。对于建设工程施工合同纠纷，由于属于专属管辖范畴，因此无需（也无法）约定管辖法院；而对于非施工类合同纠纷，则可以在不违反法律规定的前提下约定管辖法院。
- 了解法律后果：如果约定的管辖法院违反了级别管辖或专属管辖的规定，那么该约定将是无效的。在这种情况下，法院将根据法定管辖规则来确定案件的管辖权。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份建设工程设计合同，并约定如果发生纠纷，由甲方所在地法院管辖。只要该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定（即该设计合同纠纷不属于专属管辖范畴），且甲方所在地与争议有实际联系（如合同签订地、合同履行地等），那么该约定就是合法有效的。如果发生纠纷，双方应首先按照约定的管辖法院进行诉讼。
总结来说，建设工程合同在约定管辖时，必须严格遵守《中华人民共和国民事诉讼法》关于专属管辖和级别管辖的规定。对于建设工程施工合同纠纷，应由不动产所在地人民法院专属管辖；而对于非施工类合同纠纷，则可以在不违反法律规定的前提下约定管辖法院。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。