在运输合同违约与侵权竞合的情况下，确定案件管辖法院需综合考虑多个因素，并依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定来进行分析。以下是一个详细且清晰的解答：
一、基本原则：合同约定优先
首先，我们应当检查运输合同中是否明确约定了管辖法院。如果合同中有明确的管辖协议，且该协议不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么应当按照合同约定的法院来确定管辖。这是处理此类纠纷的首要原则。
二、法定管辖原则：被告住所地或合同履行地
在没有合同约定或约定不明确的情况下，我们适用法定管辖原则。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”
被告住所地法院：
- 被告住所地是指被告的户籍所在地或经常居住地（对于法人或其他组织，为其主要办事机构所在地）。
- 在运输合同纠纷中，如果原告选择向被告住所地法院起诉，需要提交能够证明被告住所地的相关证据。
合同履行地法院：
- 合同履行地是指当事人履行合同约定义务的地点。在运输合同纠纷中，合同履行地通常包括起运地、到达地，或者如果被告为承运人且在该地接收货物或交付货物，则该地也可视为合同履行地。
- 特别地，如果争议标的是运费等货币支付问题，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定，接收货币一方（通常是托运人或收货人）所在地可以视为合同履行地。
三、特殊情形下的管辖
铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷：
- 这类纠纷由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。原告可以选择向运输始发地、目的地或被告住所地的任一法院提起诉讼。
多式联运合同纠纷：
- 如果合同中没有特别约定管辖法院，则按照上述一般规定确定管辖法院。但如果涉及海事海商纠纷（如海上货物运输合同纠纷），则可能由海事法院专门管辖。
铁路运输合同纠纷及与铁路运输有关的侵权纠纷：
- 这类纠纷由铁路运输法院管辖，不适用普通地域管辖规则。
四、实际操作中的注意事项
核查合同条款：
- 在确定管辖法院前，务必仔细核查运输合同中的管辖协议条款，确保其合法有效。
固定证据材料：
- 保存运输单据、签收记录、付款记录等证据材料，以便准确识别合同履行地和被告住所地。
咨询专业律师：
- 在复杂案件中，建议咨询专业律师以评估管辖争议风险，避免因管辖错误导致程序延误。
管辖权异议的处理：
- 如果被告对管辖法院有异议并请求移送至其住所地法院审理的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院将依法审查并作出裁定。
综上所述，在运输合同违约与侵权竞合的情况下，确定案件管辖法院需综合考虑合同约定、法定管辖原则以及特殊情形下的管辖规定。在实际操作中，应仔细核查合同条款、固定证据材料，并在必要时咨询专业律师以确保案件的顺利处理。