结论前置：公司有工伤员工并不意味着公司就不能注销，但注销过程中需确保工伤员工的合法权益得到妥善处理，否则可能面临法律风险。
一、公司注销与工伤员工权益保护的基本原则
公司注销是一个复杂的法律程序，涉及公司资产清算、债务清偿等多个环节。在注销过程中，公司必须确保所有员工的合法权益得到妥善处理，特别是工伤员工的权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，工伤员工在医疗期内、丧失或部分丧失劳动能力等特定情形下，享有特别的劳动保护，公司不得随意解除劳动合同或忽视其合法权益。
二、公司注销时工伤员工权益的具体保护措施
医疗期内的保护：
- 如果工伤员工正处于医疗期内，公司应继续支付其工资、医疗费用等，并确保其享受法定的医疗期待遇。在医疗期内，公司不得以注销为由解除与工伤员工的劳动合同或忽视其医疗需求。
劳动能力鉴定与赔偿：
- 对于因工伤导致丧失或部分丧失劳动能力的员工，公司应依法进行劳动能力鉴定，并根据鉴定结果支付相应的工伤赔偿。在注销过程中，公司应确保工伤赔偿得到妥善处理，不得因注销而逃避赔偿责任。
协商与安置：
- 在注销前，公司应与工伤员工进行充分协商，就其后续的工作安排、赔偿事宜等达成一致意见。如果工伤员工愿意继续工作，公司应考虑为其提供合适的工作岗位；如果工伤员工无法继续工作，公司应依法支付经济补偿或赔偿金，并协助其办理相关手续。
三、公司违法注销的法律后果
如果公司在注销过程中忽视工伤员工的合法权益，未依法进行劳动能力鉴定、未支付工伤赔偿或未妥善处理后续事宜，将可能面临以下法律后果：
- 行政处罚：劳动行政部门可能对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 民事赔偿：工伤员工有权向公司提起民事诉讼，要求公司支付未支付的工伤赔偿、经济补偿等费用。
- 刑事责任：在极端情况下，如果公司的违法行为构成犯罪，相关责任人员可能面临刑事责任。
四、实际操作建议
- 提前规划：公司在决定注销前，应提前规划工伤员工的安置方案，确保其合法权益得到妥善处理。
- 充分协商：与工伤员工进行充分协商，就后续事宜达成一致意见，避免纠纷的发生。
- 依法操作：在注销过程中，严格遵守相关法律法规，确保所有程序合法合规。
- 寻求专业帮助：如有需要，可以寻求专业律师或法律机构的帮助，确保注销过程顺利进行。
总结与建议：公司有工伤员工并不直接阻碍公司的注销程序，但公司必须确保在注销过程中工伤员工的合法权益得到妥善处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。