关于建房层高不够的违约责任计算，需根据合同约定及实际损失情况综合确定，具体分析如下：
合同有明确约定时：
- 直接依据合同条款：若购房合同中已明确约定房屋层高的具体数值及不符合标准时的赔偿计算方式（如每低一定厘米赔偿一定金额），则直接按照合同条款执行。例如，合同约定层高误差每低1厘米，开发商需支付房价款0.1%的违约金。此时，违约责任的计算相对简单，只需根据实际层高与合同约定的差值，按照约定的比例或金额进行计算即可。
- 公式示例：假设合同约定层高为3米，实际层高为2.9米，差值为0.1米（即10厘米），合同约定每低1厘米赔偿房价款的0.1%，若房价款为100万元，则赔偿金额为：\(100万 \times 0.1\% \times 10 = 1万元\)。
合同无明确约定时：
- 整改费用与损失赔偿：若通过整改能使房屋层高达到约定标准，赔偿范围应包括整改所需全部费用（如拆除、重新施工等）及因整改给购房者造成的合理损失（如临时安置费）。此时，违约责任的计算需根据实际整改费用及损失情况进行评估。
- 价值减损评估：若整改不可行或成本过高，则需评估房屋因层高不足导致的实际价值减损。这通常由专业房地产评估机构进行，根据周边类似房屋市场价格、层高情况，结合房屋实际状况，采用比较法、收益法等评估方法，确定房屋价值因层高不足而减少的数额。评估时会综合考虑层高不足对房屋使用功能、舒适度及未来市场交易价格的影响。
- 综合赔偿：除房屋价值减损外，购房者还可主张因层高不够导致的其他直接损失，如额外装修成本（为改善空间感而采用的特殊装修手段增加的费用）。在特定情况下，购房者可能主张精神损害赔偿，但需满足一定条件，且赔偿金额有限。法院会根据案件具体情况综合判断。
争议解决途径：
- 若双方无法就赔偿问题达成一致，购房者可向人民法院提起诉讼。法院将依据诉讼请求、答辩意见及证据材料，依法作出裁决。在诉讼过程中，购房者需提供充分的证据证明层高不足的事实及因此造成的损失，以便法院作出公正的判决。
- 参考行业惯例与案例：在无明确法律规定和合同约定时，法院或仲裁机构可能会参考行业惯例和类似案例来判决赔偿数额。因此，购房者在准备诉讼材料时，可以收集相关行业惯例和类似案例的资料，以支持自己的诉讼请求。
总结与建议：
- 在签订购房合同时，购房者应仔细阅读合同条款，特别是关于房屋层高的约定及违约责任条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 若发现房屋层高不足，购房者应及时与开发商沟通协商，要求开发商按照合同约定或法律规定承担违约责任。
- 若协商不成，购房者可向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，购房者需提供充分的证据证明层高不足的事实及因此造成的损失。
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