当遇到超过仲裁时效的案件时，处理方式会因案件类型（如劳动争议或一般民商事纠纷）及具体情况而有所不同。以下是对这一问题的详细解答：
一、对于劳动争议案件
受理阶段：
- 即便劳动争议仲裁机构以申请超过仲裁时效为由作出不予受理的决定，劳动者仍有权向人民法院提起诉讼。法院在受理阶段，一般不会主动审查仲裁时效问题，只要符合起诉的基本条件，就会受理案件。
审理阶段：
- 若用人单位在诉讼中提出仲裁时效抗辩，且法院经审查认为抗辩理由成立（即确实超过了仲裁时效，且不存在中止、中断的情形），则会判决驳回劳动者的诉讼请求。
- 若用人单位未提出时效抗辩，法院则不会主动对仲裁时效问题进行释明或适用仲裁时效的规定进行裁判。
劳动者的应对策略：
- 仔细核实时效情况，检查是否存在时效中断或中止的法定事由，如曾向用人单位主张权利、因不可抗力无法及时申请等，并积极收集相关证据。
- 尝试与用人单位协商，争取对方放弃时效抗辩，通过和解或重新协商解决争议。
- 向人民法院提起诉讼，并充分准备证据材料以应对可能的时效抗辩。
- 向劳动监察机构投诉，请求其介入协调处理。
二、对于一般民商事仲裁案件
受理阶段：
- 当事人直接向法院起诉的，法院会按照正常的立案标准进行审查，符合起诉条件的会予以受理。此时，法院同样不会主动审查仲裁时效问题。
审理阶段：
- 若被告在诉讼中提出原告的请求已超过仲裁时效（在民商事领域，仲裁时效本质上也是一种特殊的诉讼时效）进行抗辩，法院会审查该抗辩理由是否成立。
- 若经审查认定仲裁时效期间已经届满，且不存在中止、中断等情形，法院会判决驳回原告的诉讼请求。
- 若被告未提出时效抗辩，法院同样不会主动适用仲裁时效的规定进行裁判。
当事人的应对策略：
- 对于原告而言，应仔细核实时效情况，并考虑是否存在时效中断、中止或延长的情形。若存在，应积极收集证据以证明。
- 对于被告而言，若认为原告的请求已超过仲裁时效，应及时提出抗辩，并提供相应证据。
三、仲裁时效的中止、中断与延长
无论哪种类型的案件，如果存在特定的中止、中断或延长事由，当事人的权利仍然可能得到保护。例如：
- 时效中断：如果能提供证据证明在时效期间内曾向对方主张过权利，或者对方曾同意履行义务等，这些都可能导致时效的中断，使得时效期间重新起算。
- 时效中止或延长：若存在其他法定事由（如不可抗力、当事人死亡需要等待继承人表明是否参加诉讼等）导致时效中止或延长的，当事人的权利也同样可能得到保护。
综合建议
- 增强时效意识：无论是劳动者还是用人单位，都应增强时效意识，及时行使权利或履行义务，避免因超过时效而丧失法律保护。
- 及时咨询专业律师：在处理超过仲裁时效的案件时，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律建议和制定合适的维权策略。
综上所述，超过仲裁时效并不意味着完全丧失了维权的机会。根据案件类型和具体情况，当事人可以采取不同的应对策略来维护自身的合法权益。