网约车挂靠公司不让挂靠时违约金的计算需分情况讨论，具体取决于合同约定及法律规定，以下是详细分析：

1. 合同有明确约定违约金条款时
   若挂靠合同中已明确约定“公司单方解除合同或拒绝挂靠的违约金计算方式”（如按未履行期限比例、固定金额或实际损失倍数计算），则优先适用合同约定。但需注意：

   • 违约金调整规则：根据《民法典》第585条，若违约金过分高于实际损失（通常指超过损失的30%），司机可请求法院或仲裁机构调减；若违约金低于实际损失，可请求调增。
     
   • 实际损失举证：司机需提供证据证明公司违约导致的直接损失（如预期收入减少、车辆闲置损失等），作为调整违约金的依据。

2. 合同未约定违约金或约定不明时
   若合同未约定违约金，司机可主张实际损失赔偿，包括：

   • 直接损失：如已支付的挂靠费、车辆改装费、保险费等因公司违约无法继续使用的费用；
     
   • 间接损失：如因无法运营导致的预期收入损失（需证明收入稳定性，如过往流水记录、行业平均收益等）。
     
   • 注意：间接损失需满足“可预见性”原则，即公司违约时能合理预见该损失。

3. 公司违约的合法性审查
   若公司拒绝挂靠的行为本身不合法（如无正当理由单方解约、违反行政许可要求等），司机除主张违约金或损失赔偿外，还可要求公司继续履行合同（如恢复挂靠关系）。但若合同已因政策变化（如网约车合规要求调整）或不可抗力无法履行，则可能不构成违约。

建议行动步骤：

1. 核查合同条款：重点查看违约金约定、解约条件及争议解决方式；
   
2. 收集证据：保存合同、付款记录、沟通记录、损失凭证等；
   
3. 协商或诉讼：优先与公司协商，协商不成可向法院起诉或申请仲裁（依合同约定）。
   

如有进一步细节（如合同具体条款、公司拒绝理由等），可向我补充说明，我会为您细化分析。