网约车挂靠协议中约定的罚款条款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若罚款条款属于双方自愿协商且不违反法律强制性规定，则合法
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，条款即有效。若挂靠协议中约定的罚款（如违约责任、赔偿金等）是双方基于平等协商达成，且罚款金额合理（未超出实际损失范围），则该条款合法有效。例如，若司机未按约定完成接单量，协议约定扣除部分保证金作为违约赔偿，且金额与实际损失相当，则合法。

2. 若罚款条款违反法律强制性规定或显失公平，则不合法

   • 违反行政法规：若罚款条款涉及行政处罚内容（如“未按时保养车辆罚款5000元”），而网约车平台或挂靠公司并非行政机关，无权设定行政处罚，此类条款因主体不适格而无效。
     
   • 显失公平或乘人之危：若罚款金额远超实际损失（如“迟到1分钟罚款1000元”），或利用司机弱势地位强制约定高额罚款，可能因违反《民法典》第一百五十一条（显失公平）或第一百五十二条（乘人之危）被撤销。
     
   • 排除司机主要权利：若协议约定“司机违约需支付全部收入作为罚款”，导致司机无法获得合理报酬，可能因违反《民法典》第四百九十七条（格式条款无效情形）被认定无效。

建议：

• 签订挂靠协议前，司机应仔细审查罚款条款，重点关注罚款主体、金额计算方式及触发条件，避免接受不合理条款。
  
• 若已签订协议且认为罚款条款违法，可收集证据（如协议文本、罚款通知、沟通记录等），通过协商、投诉（如向交通主管部门或12315举报）或诉讼（起诉确认条款无效或要求返还罚款）维护权益。
  

如有具体协议条款或纠纷细节，可直接向我咨询，我会结合实际情况进一步分析。