当企业发现员工存在职务侵占行为，并且已经给客户造成了损失时，作为老板，您需要采取一系列既合法又有效的措施来应对。以下是一个详细的处理指南：

一、立即启动内部调查与证据收集

1. 迅速响应：一旦察觉到职务侵占的迹象，您应立即启动内部调查程序，确保不遗漏任何关键信息。
2. 全面审查：仔细审查公司的财务报表、账目记录、业务合同以及监控录像等，以准确确定侵占的时间范围、金额以及具体手段。
3. 证据固定：在调查过程中，务必收集并妥善保存所有相关证据，包括书面文件、电子数据、证人证言以及交易记录等。这些证据将对于后续的法律程序至关重要，因此必须确保它们的合法性、真实性和关联性。

二、寻求法律咨询与专业指导

在确认侵占行为后，您应及时咨询专业律师，获取法律意见。律师将能够为您提供关于如何合法、有效地处理此类问题的建议，并确保您的后续处理步骤符合法律法规要求。

三、与涉事员工进行沟通与处理

1. 尝试沟通协商：在掌握一定证据后，您可以与涉事员工进行面对面沟通，明确指出其不当行为，并要求其返还侵占的财物。沟通过程应保持冷静和理性，避免情绪化。
2. 录音录像：为了确保沟通过程的有效性，您可以考虑录音录像，以备不时之需。
3. 签订协议：如果员工承认错误并愿意改正，您可以与其签订书面协议，明确返还财物的细节以及违约责任。这将有助于确保员工履行其承诺，并为您提供法律保障。
4. 内部纪律处分：根据公司规章制度，对涉事员工进行纪律处分，如警告、罚款、解除劳动合同等。在采取处分措施时，请确保它们不违反劳动法等相关法律法规，以避免引发劳动争议。

四、通过法律途径维权

1. 向公安机关报案：如果沟通无果或侵占情节严重，您应向公安机关报案，并提交详细的报案材料。警方将展开调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。
2. 提起民事诉讼：除了报案外，您还可以考虑通过民事诉讼要求员工返还财物并赔偿损失。在提起诉讼前，请确保您已经收集了足够的证据来支持您的诉求。
3. 申请财产保全：为了防止员工在诉讼过程中转移财产，您可以向法院申请财产保全措施。这将有助于确保您在诉讼胜利后能够顺利执行判决。

五、加强管理与预防措施

1. 完善内部控制制度：加强财务管理，建立严格的财务审批流程，并规范物资采购和销售环节。同时，加强库存管理和盘点，确保公司资产的安全和完整。
2. 加强员工教育与监督：定期组织法律法规和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。同时，建立健全监督机制，加强对员工工作行为的监督和检查，及时发现并纠正不当行为。

总之，面对员工职务侵占问题，您需要迅速响应、全面调查、依法处理，并通过加强管理与预防措施来降低类似事件的发生概率。通过这些措施的实施，您可以有效维护企业的合法权益和正常运营秩序。