第三方检测公司开超市抽检是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若第三方检测公司受行政机关委托进行抽检：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，县级以上人民政府食品安全监督管理部门有权对食品生产经营者进行监督检查，并可以委托符合法定条件的食品检验机构进行抽样检验。若第三方检测公司具备相应的法定条件，并受行政机关委托进行超市抽检，则其行为是合法的。
   • 法律依据：《中华人民共和国食品安全法》第八十七条：“县级以上人民政府食品安全监督管理部门应当对食品进行定期或者不定期的抽样检验，并依据有关规定公布检验结果，不得免检。进行抽样检验，应当购买抽取的样品，委托符合本法规定的食品检验机构进行检验，并支付相关费用；不得向食品生产经营者收取检验费和其他费用。”

2. 若第三方检测公司未经行政机关委托，自行进行抽检：

   • 合法性分析：若第三方检测公司未经行政机关委托，擅自进入超市进行抽检，可能涉及侵犯超市的经营自主权、消费者权益保护等问题，其行为可能不合法。超市作为经营主体，有权拒绝未经授权的抽检行为，并可以要求检测公司出示相关授权文件或法律依据。
   • 可能后果：若检测公司未经授权进行抽检，并可能因此给超市造成损失的，超市有权要求检测公司承担相应的民事责任，包括赔偿损失等。

3. 特殊情况下的抽检：

   • 消费者投诉或举报：若消费者因食品安全问题向相关部门投诉或举报，相关部门可能会委托第三方检测公司进行抽检以核实情况。在此情况下，检测公司的抽检行为是合法的。
   • 超市自愿接受抽检：若超市出于自身管理需要或提升消费者信任度的考虑，自愿接受第三方检测公司的抽检，并签订相关协议明确双方权利义务的，则检测公司的抽检行为也是合法的。

建议与总结：

• 对于超市而言，若遇到第三方检测公司进行抽检，应首先要求检测公司出示相关授权文件或法律依据，以确认其抽检行为的合法性。
• 若检测公司无法提供合法依据或未经授权进行抽检的，超市有权拒绝并可以要求检测公司停止侵权行为。
• 若因检测公司的抽检行为给超市造成损失的，超市有权依法追究检测公司的民事责任。

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