行政部门违法的处理部门需根据违法情形、法律规定及行政机关的职能来确定，具体如下：

1. 作出行政行为的行政机关自身

   • 分析：各级行政机关对其自身及其工作人员的执法活动负有监督和管理职责。当发现本机关作出的行政行为违法时，应主动进行纠正。这是行政机关自我纠错的一种机制，有助于维护行政行为的合法性和公正性。
   • 例子：若市场监督管理局发现其之前作出的某项处罚决定存在错误，如罚款金额计算不当或适用法律条款错误，市场监督管理局应主动撤销原错误处罚决定，并重新作出正确的处理。

2. 上级行政机关

   • 分析：上级行政机关有权对下级行政机关的行政行为进行监督。当下级行政机关存在行政违法时，上级行政机关可以责令其改正，或直接进行纠正。这是行政机关内部层级监督的一种体现，有助于确保行政行为的统一性和合法性。
   • 例子：若市生态环境局发现其派出机构（如某区生态环境分局）在执法过程中存在程序违法问题，如未依法告知当事人陈述、申辩权利，市生态环境局可以责令该派出机构改正，或直接撤销其作出的违法行政行为。

3. 专门的行政监督机关（如监察委员会）

   • 分析：监察委员会是行使国家监察职能的专责机关，负责对所有行使公权力的公职人员进行监察，调查职务违法和职务犯罪。当行政部门或其工作人员存在违法违纪行为时，监察委员会可以依法进行调查和处理。
   • 例子：若监察委员会发现某政府部门工作人员存在贪污受贿行为，监察委员会将依法进行调查，并根据调查结果给予相应的党纪政务处分，涉嫌犯罪的，将移送司法机关依法追究刑事责任。

4. 行政复议机关

   • 分析：公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益时，可向行政复议机关申请复议。行政复议机关通过审查，若认定原行政行为违法，可作出撤销、变更或确认违法等复议决定。这是公民、法人或其他组织维护自身合法权益的一种重要途径。
   • 例子：若某企业认为县税务局对其作出的税收征收决定违法，如多征了税款，该企业可以向市税务局申请行政复议。市税务局经过审查，若认定原税收征收决定违法，将作出撤销或变更原决定的复议决定。

5. 司法机关（如人民法院）

   • 分析：人民法院是国家的审判机关，负责审理行政案件。当公民、法人或其他组织认为行政行为侵犯其合法权益时，可向人民法院提起行政诉讼。人民法院审理行政案件，对行政行为的合法性进行审查，若认定违法，可依法判决撤销、部分撤销或要求行政机关履行法定职责等。
   • 例子：若某居民认为区规划部门作出的规划许可违法，如规划许可侵犯了其相邻权，该居民可以向人民法院提起行政诉讼。人民法院经过审理，若认定原规划许可违法，将判决撤销或部分撤销该规划许可。

特殊情形下的处理：

• 跨部门违法：若行政部门的违法行为涉及多个领域或多个行政机关的职能，可能需要多个行政机关共同参与处理。例如，某企业同时存在环境污染和偷税漏税行为，生态环境部门和税务部门将分别依据各自职责进行调查和处理。
• 涉嫌犯罪：若行政部门的违法行为涉嫌犯罪，如贪污受贿、滥用职权等，将依法移送司法机关追究刑事责任。这是行政违法与刑事犯罪相衔接的重要体现，有助于确保法律的严肃性和公正性。

建议：

• 若您发现行政部门存在违法行为，首先可以尝试与该部门沟通协商，要求其纠正违法行为。
• 若沟通协商无果，您可以向该部门的上级行政机关或专门的行政监督机关（如监察委员会）进行投诉或举报。
• 若您认为该行政行为侵犯了您的合法权益，您还可以向行政复议机关申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼。

在实际操作中，应根据具体违法情形和法律规定来准确确定处理部门，并确保处理过程的合法性和规范性。若您面临此类问题或有相关疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。