结论前置：被挂靠人代垫工程款后，是否可以依借款协议向挂靠人收取利息，这主要取决于借款协议的具体内容以及相关法律法规的适用。以下从不同角度进行分析：

1. 借款协议有明确约定利息的情况：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。如果借款协议中明确约定了利息，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如利率不超过法定上限），那么被挂靠人作为贷款人，有权依据借款协议向挂靠人收取利息。
   • 法律建议：在此情况下，被挂靠人应确保借款协议中的利息条款清晰明确，且符合法律法规的规定。同时，应保留好相关证据，如借款协议、转账记录等，以便在需要时证明自己的权益。

2. 借款协议未明确约定利息的情况：

   • 法律背景：如果借款协议中未明确约定利息，那么根据《中华人民共和国民法典》的规定，自然人之间的借款合同对支付利息没有约定的，视为没有利息。这意味着，在没有明确约定的情况下，被挂靠人可能无法向挂靠人收取利息。
   • 法律建议：为了避免纠纷，被挂靠人在与挂靠人签订借款协议时，应明确约定利息条款。如果已经签订了未约定利息的借款协议，但后续希望收取利息，可以尝试与挂靠人协商补充协议，明确利息条款。如果协商不成，被挂靠人可能需要考虑其他法律途径来维护自己的权益，但需注意，在没有明确约定的情况下，直接要求支付利息可能缺乏法律依据。

3. 利息约定超过法定上限的情况：

   • 法律背景：根据相关法律法规的规定，民间借贷的利率有法定上限。如果借款协议中约定的利息超过了法定上限，那么超过部分的利息将不受法律保护。
   • 法律建议：被挂靠人在与挂靠人签订借款协议时，应确保利息约定不超过法定上限。如果已经签订了超过法定上限的借款协议，被挂靠人应主动调整利息条款，以避免法律风险。同时，如果挂靠人已经支付了超过法定上限的利息，被挂靠人可能需要退还多余部分。

进一步思考：在实际操作中，被挂靠人代垫工程款并签订借款协议时，应充分考虑各种法律因素，确保借款协议的合法性和有效性。如果遇到纠纷或疑问，应及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答。