结论：投资入股未支付合同款项且未登记在公司股东名册的情况下，能否退款需视具体情况而定，主要取决于合同约定、实际履行情况以及双方协商结果。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同明确约定退款条款：
- 如果投资入股合同中明确约定了未支付款项时的退款条款，例如“若乙方未在约定时间内支付全部投资款项，甲方有权解除合同并要求乙方支付违约金或退还已支付款项（如有）”，则根据合同约定，您有权要求退款。
合同未约定退款条款：
- 如果合同中未明确约定退款条款，则需依据《中华人民共和国民法典》中关于合同解除和违约责任的规定来处理。
二、实际履行情况角度
合同未实际履行：
- 如果合同签订后，双方均未实际履行合同义务，即您未支付投资款项，公司也未为您办理股东登记或提供其他合同约定的权益，此时合同处于未履行状态。根据《民法典》的相关规定，您有权要求解除合同，并可能根据双方协商或法院判决要求退款。
合同部分履行：
- 如果合同签订后，您已支付部分款项，但公司未为您办理股东登记或提供其他合同约定的权益，此时合同处于部分履行状态。您有权要求公司继续履行合同（如办理股东登记）或解除合同并要求退款。若选择解除合同，退款金额可能需根据已履行部分和未履行部分的比例进行协商或法院判决。
三、双方协商角度
协商退款：
- 无论合同是否明确约定退款条款，双方均可通过协商达成退款协议。协商过程中，您可以根据公司未履行合同义务的情况、您的实际损失等因素，要求公司退还全部或部分投资款项。
协商不成：
- 如果双方无法就退款事宜达成一致，您可以考虑通过法律途径解决纠纷。例如，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求公司退还投资款项并承担违约责任。
四、法律后果与风险提示
法律后果：
- 如果公司拒绝退款且您选择通过法律途径解决纠纷，法院或仲裁机构将根据合同约定、实际履行情况以及双方过错程度等因素，判决公司是否应退还投资款项及退款金额。
风险提示：
- 在投资入股过程中，务必签订书面合同并明确约定双方的权利义务、退款条款等关键内容。
- 在支付投资款项前，务必确认公司已为您办理股东登记或提供其他合同约定的权益，以避免不必要的纠纷。
- 如果发生纠纷，建议及时咨询专业律师并保留好相关证据材料，以便在协商或诉讼过程中维护自身权益。
建议：针对您目前的情况，我建议您首先与公司进行协商，明确退款事宜并达成书面协议。如果协商不成，您可以考虑通过法律途径解决纠纷。在此过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。