在施工合同中，若专用条款里存在补充条款，通常应当按照补充条款来执行。以下从不同角度为你详细分析：

合同条款的效力层级

在一份完整的施工合同中，一般会包含通用条款和专用条款。通用条款是行业内的标准条款，适用于大多数施工合同，具有普遍适用性；而专用条款则是针对具体项目、具体合同双方的需求和约定而制定的，具有更强的针对性和特殊性。根据合同法的相关原则，当专用条款与通用条款存在冲突时，专用条款的效力通常要高于通用条款。这是因为专用条款是双方在充分协商、考虑了具体项目特点后达成的特别约定，更能体现双方的真实意思表示。补充条款作为专用条款的一部分，自然也遵循这一效力层级原则，在与其他条款冲突时，优先适用。

补充条款的制定目的

补充条款的制定，往往是为了对通用条款或专用条款中未尽事宜进行补充说明，或者对某些条款进行修改、细化。例如，在施工合同中，通用条款可能对工程款的支付方式、支付时间等做了原则性的规定，但专用条款中的补充条款可能会根据项目的实际情况，对支付的具体节点、支付比例等进行更详细、更具体的约定。这种约定是为了更好地适应项目的需求，保障合同的顺利履行，因此双方应当按照补充条款的约定来执行。

特殊情况下的处理

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果补充条款的制定违反了法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形导致补充条款无效，那么就不能按照补充条款来执行。此外，如果补充条款的约定模糊不清、存在歧义，导致双方对条款的理解产生争议，那么就需要根据合同的其他条款、交易习惯以及诚实信用原则等来进行解释和判断。在这种情况下，可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议，确定最终的执行方案。

实际操作建议

为了避免因补充条款的约定不明确或存在争议而引发纠纷，建议双方在签订施工合同时，对补充条款进行仔细审查和协商。确保补充条款的约定清晰、明确、具体，不存在歧义和漏洞。同时，在合同履行过程中，双方也应当严格按照补充条款的约定来履行各自的义务，确保合同的顺利履行。如果遇到任何问题或争议，建议及时沟通协商，寻求妥善的解决方案。

综上所述，施工合同专用条款中的补充条款，在通常情况下是应当按照其约定来执行的。但也要注意特殊情况下的处理方式和实际操作建议，以保障合同的顺利履行和双方的合法权益。如果你在施工合同方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。