农村土地地基纠纷的处理需根据纠纷类型确定管理主体，并遵循相应的解决程序。以下是对该问题的详细分析：
一、土地所有权和使用权争议
处理主体：
- 单位之间的争议：由县级以上人民政府负责处理。例如，两个不同的农村集体经济组织之间就某块土地的所有权归属产生争议时，应由县级以上政府介入处理。
- 个人之间、个人与单位之间的争议：可由乡级人民政府或县级以上人民政府处理。如村民之间关于宅基地边界（土地使用权）的纠纷，既可向乡级政府申请处理，也可直接向县级政府求助。
处理流程：
- 当事人应首先尝试协商解决；协商不成时，再由人民政府进行处理。
- 对人民政府的处理决定不服的，当事人可在接到处理决定通知之日起三十日内向人民法院提起诉讼。
- 在争议解决前，任何一方均不得擅自改变土地利用现状，以保持现场原貌，便于后续处理。
二、土地承包经营纠纷（若地基纠纷涉及土地承包经营权）
纠纷类型：
- 因订立、履行、变更、解除和终止农村土地承包合同而产生的纠纷。
- 因农村土地承包经营权转包、出租、互换、转让、入股等流转行为引发的纠纷。
- 因收回、调整承包地而发生的纠纷。
- 因确认农村土地承包经营权而产生的纠纷。
- 因侵害农村土地承包经营权而引发的纠纷。
- 法律、法规规定的其他相关纠纷。
解决途径：
- 协商与调解：双方当事人可自行和解，或请求村民委员会、乡（镇）人民政府等进行调解。这些机构贴近农村，熟悉当地情况，有助于快速了解纠纷起因和争议焦点，促进双方和解。
- 仲裁与诉讼：若协商、调解无果或当事人不愿采用此方式，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。农村土地承包仲裁委员会是专业处理此类纠纷的机构，其仲裁具有专业性和高效性。而向法院起诉则是通过司法途径解决纠纷，获得的裁判结果具有强制执行力。
三、综合管理与处理部门
- 自然资源部门：当地的自然资源部门（原国土资源部门）负责管理和处理农村土地纠纷。当遇到土地纠纷时，可向县级或乡级的自然资源部门进行咨询、申请调解或投诉。自然资源管理部门会依据相关法律法规和政策，对双方争议进行调查、了解和分析，并给出公正的处理意见或决定。
四、法律建议
- 保持冷静，合法维权：在处理农村土地地基纠纷时，当事人应保持冷静，通过合法途径解决问题，避免采取过激行为。
- 收集证据，明确诉求：在协商、调解、仲裁或诉讼过程中，当事人应收集相关证据，明确自己的诉求，以便更好地维护自己的合法权益。
- 寻求专业帮助：若纠纷复杂或涉及较大利益，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律意见和指导。
综上所述，农村土地地基纠纷的处理需根据具体类型选择适当的管理主体和解决程序。在处理过程中，当事人应遵守相关法律法规，保持冷静理性，积极寻求合法途径解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。