核心结论：私企未经合法程序将土地用于工厂建设属于违法行为，具体处理方式需根据土地性质、是否取得审批手续等情况分情况讨论。以下从不同角度展开分析：

1. 若土地性质为农用地或未依法转为建设用地

根据《土地管理法》第四十四条，建设占用土地涉及农用地的，应当办理农用地转用审批手续。若私企未取得审批擅自将农用地用于工厂建设，属于非法占用农用地，可能面临以下后果：

• 行政处罚：由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除或没收地上新建的建筑物和其他设施，并处罚款（按非法占用土地每平方米100元以上1000元以下的标准计算）。
• 刑事责任：若非法占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上，造成耕地大量毁坏的，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

建议：立即停止建设行为，向自然资源主管部门说明情况，补办农用地转用审批手续（若符合规划且符合条件）；若无法补办，需自行拆除地上建筑物并恢复土地原状。

2. 若土地性质为建设用地但未取得规划许可或施工许可

即使土地性质为建设用地，私企仍需依法取得《建设工程规划许可证》和《建筑工程施工许可证》后方可开工建设。若未取得相关许可，属于违法建设，可能面临：

• 行政处罚：由城乡规划主管部门责令停止建设，限期改正（补办手续或拆除）；逾期不改正的，可强制拆除，并处罚款（按工程造价的5%-10%计算）。
• 民事责任：若因违法建设导致相邻权人（如周边居民）权益受损（如采光、通风、噪音等），需承担侵权赔偿责任。

建议：立即停止施工，向当地城乡规划主管部门和住房城乡建设主管部门咨询补办手续的可能性；若无法补办，需自行拆除或配合行政机关强制拆除。

3. 若土地取得方式存在瑕疵（如未通过出让、划拨等合法程序）

根据《土地管理法》第五十三条至第五十六条，建设单位使用国有土地应当以出让等有偿使用方式取得；使用集体土地需依法征收为国有或符合集体经营性建设用地入市条件。若私企未通过合法程序取得土地使用权，属于非法取得土地，可能面临：

• 行政处罚：由县级以上人民政府自然资源主管部门责令交还土地，没收违法所得，并处罚款（按非法取得土地每平方米10元以上100元以下的标准计算）。
• 合同无效风险：若私企与土地权利人（如集体经济组织或个人）签订的土地流转合同因违反法律强制性规定（如未经村民会议三分之二以上成员同意）被认定无效，需返还土地并赔偿对方损失。

建议：立即停止使用土地，与土地权利人协商解除合同并返还土地；若已支付费用，可要求对方返还（但需扣除合理使用期间的费用）；若涉及集体土地，需依法补办征收或入市手续。

4. 若工厂建设符合规划但存在环保、安全等合规问题

即使土地使用和建设手续合法，工厂仍需符合环保、安全等法律法规要求。若存在以下情形，可能面临：

• 环保处罚：未依法取得排污许可证或超标排放污染物的，由生态环境主管部门责令改正或限制生产、停产整治，并处罚款（按日连续处罚或按污染当量数计算）。
• 安全处罚：未依法进行安全评价或存在重大安全隐患的，由应急管理部门责令停产停业整顿，并处罚款（个人1万元以上5万元以下，单位10万元以上50万元以下）。

建议：立即委托专业机构进行环保和安全评估，补办相关许可手续；对存在的问题进行整改，确保符合法定标准后再恢复生产。

总结：私企用地建厂需严格遵守土地管理、城乡规划、环保、安全等多方面法律法规。若已存在违法行为，建议根据具体情形采取补救措施（如补办手续、拆除建筑物、赔偿损失等）；若面临行政处罚或诉讼风险，可进一步向我咨询具体应对策略。