当案件在取保候审九个月后被检察院退回侦查，检察院通常会根据补充侦查的情况作出不同处理。具体来说：

1. 若补充侦查后，犯罪事实清楚，证据确实、充分：

   • 检察院会依法提起公诉，案件将进入法院审判阶段。

2. 若补充侦查后，证据仍然不足，不符合起诉条件：

   • 检察院会作出不起诉决定。不起诉决定包括法定不起诉（如犯罪已过追诉时效等）、酌定不起诉（如犯罪情节轻微等）以及证据不足不起诉。
   • 对于证据不足不起诉的情况，被害人如果不服，可以在收到决定书后七日以内向上一级检察院申诉，请求提起公诉。

3. 在整个过程中，犯罪嫌疑人及其法定代理人、近亲属或辩护人的权利：

   • 他们有权申请变更强制措施，以确保合法权益得到保障。
   • 如果认为当前采取的强制措施不合适，可以申请改变，以改善自身处境。

应对策略：

• 犯罪嫌疑人应积极配合检察院的工作，如实陈述案情，提供必要证据。
• 辩护律师应密切关注案件进展，及时与检察院沟通，了解案件审查情况。
• 如果对检察院的决定有异议，可以依法提出申诉或复议。

总之，取保候审期间案件被检察院退回侦查是一个重要的法律程序节点。犯罪嫌疑人及其家属、辩护律师应充分了解相关法律规定和程序要求，积极应对并维护合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。