根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，自然人应开票而未开票的，税务机关将根据不同情形进行处罚，具体如下：

1. 未按照规定开具发票的处罚
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，自然人未按照规定开具发票的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
   具体情形包括：
   

• 应开具而未开具发票；
  
• 以其他凭证代替发票使用；
  
• 扩大发票使用范围；
  
• 以伪造、变造发票等手段实施违法行为。
  处罚逻辑：税务机关首先会责令限期改正，若逾期未改正或情节严重（如多次违规、拒不配合），则直接处以罚款。

1. 未按规定申报纳税的连带责任
   若未开票行为导致未申报或少申报应税收入，税务机关将依据《税收征管法》第六十四条，追缴少缴税款及滞纳金，并处不缴或少缴税款50%以上5倍以下的罚款。
   关键点：
   

• 处罚对象是“未申报纳税”行为，而非单纯未开票；
  
• 罚款幅度与少缴税款金额直接相关，例如少缴1万元，罚款范围为5000元至5万元。

1. 涉嫌偷税的刑事风险
   若未开票行为被认定为“采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或不申报”，且逃避缴纳税款数额较大（通常指5万元以上）且占应纳税额10%以上，将构成《刑法》第二百零一条的偷税罪，面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大（通常指25万元以上）且占应纳税额30%以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   例外情形：经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款、缴纳滞纳金并受行政处罚的，不予追究刑事责任（但五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被税务机关给予二次以上行政处罚的除外）。

实务建议：

1. 自然人发生应税行为时，应主动向对方开具发票（若对方为个人且无需报销，可开具收款凭证并注明交易内容）；
   
2. 若已发生未开票行为，应立即补开发票并申报纳税，避免行政处罚升级为刑事责任；
   
3. 对处罚决定有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   

提示：税收法律关系中，“未开票”与“未纳税”是独立但可能关联的违法行为，税务机关可能对两者分别处罚。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。