结论：合同约定承担乙方所有差旅费用，发生金额是否可以在税前扣除，需根据费用性质、支付主体及税法规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 费用性质与税前扣除的基本原则

根据《企业所得税法》及其实施条例，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。差旅费用若属于企业因生产经营活动而实际发生的合理支出，且能提供合法有效的凭证（如发票、行程单等），原则上可在税前扣除。

关键点：

• 合理性：费用需与生产经营活动直接相关，且金额合理。例如，乙方因项目需要赴外地出差，其交通、住宿、餐饮等费用若符合行业标准，通常视为合理。
• 合法性：需取得合法有效的凭证，如增值税专用发票（可抵扣进项税额）或普通发票（作为费用凭证）。

2. 支付主体对税前扣除的影响

合同约定由甲方（支付方）承担乙方差旅费用，需区分以下情形：

• 甲方直接支付并报销：若甲方直接支付乙方差旅费用，并取得合法凭证，该费用属于甲方的生产经营支出，可在甲方税前扣除。乙方无需就该费用确认收入，也无需缴纳企业所得税或个人所得税（若乙方为个人，需区分是否为劳务报酬）。
• 乙方先行垫付后甲方报销：若乙方先行垫付差旅费用，后凭合法凭证向甲方报销，甲方仍可将该费用作为自身支出在税前扣除。乙方需确保报销凭证的合法性，避免因凭证问题导致甲方无法扣除。

特殊情形：

• 若乙方为个人，且差旅费用属于劳务报酬的组成部分（如乙方为甲方提供劳务过程中产生的费用），则需根据《个人所得税法》及其实施条例判断是否需并入劳务报酬征税。若费用属于“与取得劳务报酬直接相关的支出”，可能允许在计算劳务报酬所得时扣除，但需以税法明确规定为准。

3. 合同约定与税法规定的衔接

合同约定虽可明确双方权利义务，但税前扣除需以税法规定为准。即使合同约定甲方承担乙方所有差旅费用，若费用不符合税法规定的“合理性”或“合法性”要求，仍可能无法在税前扣除。例如：

• 费用金额明显偏高（如豪华住宿、头等舱等），超出行业标准；
• 费用与生产经营活动无关（如乙方私人旅行费用）；
• 无法提供合法有效的凭证。

4. 实务建议

• 合同条款设计：在合同中明确差旅费用的范围、标准及报销流程，确保费用与生产经营活动直接相关且金额合理。
• 凭证管理：要求乙方提供合法有效的凭证（如发票、行程单等），并妥善保存以备税务检查。
• 税务合规审查：定期对差旅费用进行税务合规审查，避免因费用问题引发税务风险。

总结：合同约定承担乙方所有差旅费用，发生金额是否可以在税前扣除，需结合费用性质、支付主体及税法规定综合判断。若费用合理、合法且与生产经营活动直接相关，通常可在税前扣除。如有进一步疑问，可直接向我咨询。