企业申请征用的出让土地使用权超过十二年未使用，其土地使用权是否还受保护，需分情况讨论：

1. 若企业已合法取得土地使用权并办理了相关手续：

   • 根据《中华人民共和国城市房地产管理法》的相关规定，以出让方式取得土地使用权的，应当按照土地使用权出让合同约定的期限和条件开发、利用土地。若超过合同约定的期限满二年未动工开发的，可以无偿收回土地使用权；但是，因不可抗力或者政府、政府有关部门的行为或者动工开发必需的前期工作造成动工开发迟延的除外。
   • 具体分析：若企业因自身原因（非不可抗力或政府行为等）超过十二年未使用土地，且未按照合同约定或法律规定进行开发，那么该土地使用权可能面临被无偿收回的风险，此时其土地使用权不再受保护。但若企业能证明未使用土地是由于不可抗力、政府行为或前期工作等合理原因造成的，且已采取合理措施进行补救，那么其土地使用权可能仍受保护。

2. 若企业未合法取得土地使用权或未办理相关手续：

   • 若企业未按照法定程序取得土地使用权，或未办理土地使用权登记等手续，那么其所谓的“土地使用权”本身就不受法律保护。在这种情况下，无论企业是否使用土地，其土地使用权都不存在受保护的问题。

法律建议：

• 对于企业而言，应严格按照土地使用权出让合同的约定和法律规定开发、利用土地，避免因长期闲置土地而面临土地使用权被收回的风险。
• 若企业因特殊原因确实无法按时开发土地，应及时与相关部门沟通并办理延期开发手续，或采取其他合理措施进行补救。
• 若企业发现其土地使用权可能受到侵害或存在争议，应及时咨询专业律师并采取法律措施维护自身权益。

可能后果：

• 若企业土地使用权被无偿收回，将面临失去土地使用权的法律后果，同时可能需承担因违约或违法而产生的其他法律责任。
• 若企业未合法取得土地使用权或未办理相关手续，则可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。

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