结论：在门窗玻璃商家负责运输的情况下，若因运输损坏导致重做，是否算延期交付需根据合同具体约定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同有明确约定的情况
合同明确约定了交付时间及运输责任：
- 若合同中明确规定了门窗玻璃的交付时间，并且约定了商家负责运输及运输过程中的风险承担（如损坏、丢失等），那么因运输损坏导致重做，原则上应视为商家未能按照合同约定的时间交付货物，即构成延期交付。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”商家因运输损坏导致重做，未能按时交付，应承担违约责任。
合同明确约定了延期交付的免责条款：
- 若合同中明确约定了因运输等不可抗力或特定原因导致的延期交付，商家不承担责任，那么在此情况下，因运输损坏导致重做可能不构成延期交付，或商家可免除延期交付的责任。
- 注意：免责条款需明确、具体，且不得违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。
二、合同无明确约定的情况
根据交易习惯或行业惯例判断：
- 若合同未明确约定交付时间及运输责任，但根据交易习惯或行业惯例，商家应负责运输并承担运输过程中的风险，那么因运输损坏导致重做，仍可能被视为延期交付。
- 建议：在签订合同时，双方应尽可能明确约定交付时间、运输责任及风险承担等条款，以避免纠纷。
根据实际履行情况判断：
- 若合同未明确约定，且无法根据交易习惯或行业惯例判断，那么需根据实际履行情况来判断。如商家在运输过程中未能尽到合理的注意义务，导致货物损坏，且未能及时重做并交付，那么可能构成延期交付。
- 法律后果：商家可能需承担因延期交付给买方造成的损失，如买方因此产生的额外费用、利润损失等。
三、特殊情况考虑
- 买方同意延期：若买方在得知货物因运输损坏需要重做后，同意商家延期交付，那么在此情况下，不构成延期交付的违约行为。
- 不可抗力因素：若运输损坏是由于不可抗力因素（如自然灾害、战争等）导致的，且商家能提供充分证据证明，那么可能免除或部分免除延期交付的责任。
建议：在处理此类纠纷时，双方应首先查看合同中的相关约定，并根据实际情况进行协商。若协商不成，可寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。