结论：从合同的债务人在诉讼中一般不可以主张主债权违反公序良俗无效，但在特定情形下存在例外可能。以下为你详细分析：
一般情况：从合同债务人不能主张主债权违反公序良俗无效
- 仲裁裁决的既判力
主债权已经仲裁确认有效，这意味着仲裁机构已经对主债权的效力问题作出了具有法律效力的裁决。仲裁裁决具有既判力，即裁决作出后，对于该裁决所确定的权利义务关系，当事人不得再就同一事实和理由向其他机构提出不同的主张。从合同与主合同具有紧密的关联性，主合同债权的有效性是判断从合同债务履行的基础。在主债权已经仲裁确认有效的情况下，从合同的债务人通常不能在后续的诉讼中轻易否定主债权的效力，主张其违反公序良俗无效。
例如，甲和乙签订了一份借款合同（主合同），同时丙为乙的借款提供担保（从合同）。甲和乙之间的借款纠纷经过仲裁裁决借款合同有效。之后，在丙与甲、乙关于担保责任的诉讼中，丙一般不能以借款合同违反公序良俗为由主张其无效。
- 合同相对性原则
合同相对性原则是合同法的基本原则之一，它强调合同只在特定的当事人之间发生法律约束力。主债权合同是甲和乙之间的约定，从合同是丙和乙之间的约定。从合同债务人丙并非主债权合同的当事人，根据合同相对性原则，丙原则上不能直接对主债权合同的效力提出异议。在主债权已经仲裁确认有效的情况下，丙不能突破合同相对性，在诉讼中主张主债权违反公序良俗无效。
特殊情况：从合同债务人可能主张主债权违反公序良俗无效
- 存在恶意串通等特殊情形
如果从合同债务人能够证明主债权合同的双方当事人存在恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的情形，且这种恶意串通的行为违反了公序良俗，那么从合同债务人有可能在诉讼中主张主债权无效。因为恶意串通损害他人利益的行为是法律所禁止的，即使主债权已经仲裁确认有效，但如果存在这种特殊情形，仲裁裁决可能会因存在错误而被撤销或者不被法院认可。
例如，甲和乙为了逃避对丙的债务，恶意签订了一份虚假的借款合同，并通过仲裁确认该借款合同有效。丙在后续的诉讼中，如果能够提供充分的证据证明甲和乙存在恶意串通的行为，且该行为违反了公序良俗，那么丙有可能主张该借款合同无效。
- 仲裁程序存在严重违法情形
如果仲裁程序存在严重违反法定程序的情形，例如仲裁庭的组成违反法定程序、仲裁员有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁决等行为，导致仲裁裁决的公正性受到严重影响，从合同债务人可以向法院申请撤销仲裁裁决。在仲裁裁决被撤销后，主债权的有效性将重新受到质疑，从合同债务人就可以在后续的诉讼中主张主债权违反公序良俗无效。
法律建议：如果你是从合同的债务人，在面临这种情况时，首先要仔细审查主债权仲裁裁决的过程和依据，收集能够证明存在特殊情形的证据。如果认为主债权确实存在违反公序良俗且符合上述特殊情形的，应及时向有管辖权的法院提起诉讼或者申请撤销仲裁裁决。同时，在整个过程中，要注意保留好相关的证据材料，以便在诉讼中维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律解答。