在非法捕捞水产品案中，没收的是网囊还是整个网具，这主要取决于具体的法律规定以及案件的具体情况。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律规定角度
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国渔业法》等相关法律法规，对于非法捕捞水产品的行为，有权机关有权没收渔获物和违法所得，并可以没收渔具、渔船等捕捞设施。这里的“渔具”是一个广义的概念，它包括了用于捕捞的各种工具和设备。
网囊与网具的关系：
- 网囊通常是网具的一部分，是用于实际捕捞水产品的具体部件。而网具则是一个更广泛的概念，它可能包括网囊、网纲、浮子、沉子等多个组成部分。
二、案件具体情况角度
没收网囊的情况：
- 如果案件中仅涉及非法使用网囊进行捕捞，且网囊是独立可分的，那么有权机关可能仅没收网囊部分。这种情况通常出现在网囊本身具有违法性（如使用禁用网目尺寸的网囊）或者网囊是非法捕捞行为的主要工具时。
没收整个网具的情况：
- 如果网囊是作为整个网具的一部分被使用，且整个网具都用于非法捕捞活动，或者网具的其他部分也与非法捕捞行为有密切关联（如网纲、浮子等也用于非法捕捞），那么有权机关可能没收整个网具。这种情况通常出现在整个网具都构成非法捕捞行为的工具时。
三、实践操作角度
执法灵活性：
- 在实际执法过程中，有权机关会根据案件的具体情况和相关法律法规的规定，灵活决定没收的范围。这既包括了对网囊和网具的单独没收，也包括了对整个捕捞设施的没收。
证据收集与认定：
- 有权机关在决定没收范围时，会充分考虑证据的收集和认定情况。如果证据能够明确证明网囊或整个网具都用于非法捕捞活动，那么有权机关将依法进行没收。
四、法律建议
遵守法律法规：
- 无论是网囊还是整个网具，使用它们进行非法捕捞都是违法的。因此，建议渔民和捕捞者严格遵守相关法律法规，不要使用禁用渔具或进行非法捕捞活动。
咨询专业律师：
- 如果您对非法捕捞水产品案中的没收范围有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况和相关法律法规的规定，为您提供详细的法律建议和帮助。
综上所述，非法捕捞水产品案中没收的是网囊还是整个网具，并没有一个固定的答案。它取决于具体的法律规定、案件的具体情况以及有权机关的执法灵活性。因此，在处理此类案件时，建议充分考虑各种因素，并咨询专业律师以获取准确的法律建议。