在计算经济补偿金时，加班费应当被纳入计算基数，不应扣除。这一结论主要基于以下法律分析和考量：
一、法律依据明确
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。进一步地，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确指出，这个“月工资”是按照劳动者应得工资来计算的，包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴、补贴和加班加点工资等货币性收入。
二、加班费性质与归属
加班费是劳动者在正常工作时间之外付出额外劳动所获得的报酬，它属于劳动者应得工资的一部分。既然“月工资”的定义中明确包含了所有货币性收入，且未将加班费排除在外，那么加班费自然应被视为经济补偿金计算基数的一部分。
三、全面保护劳动者权益
从全面保护劳动者权益的角度出发，加班费作为劳动者通过劳动获得的货币性收入，应当被计入经济补偿金中。这不仅符合法律的公平原则，也确保了劳动者的合法权益得到充分保障。特别是在一些劳动密集型企业或特定行业中，加班费在劳动者工资收入中占比较大，忽略这一部分将导致经济补偿金数额不合理地减少，从而损害劳动者的利益。
四、实际操作建议
在实际操作中，用人单位在计算经济补偿金时，应严格按照法律法规的规定，将加班费纳入计算基数。如果用人单位存在恶意将本应计入正常工作时间的收入计入加班工资，以减少正常工作时间工资和经济补偿金标准的行为，那么这部分的“加班工资”实际上应被视为正常工资的一部分，并在计算经济补偿金时予以计入。
举例说明：
假设某劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资为5000元，其中包含加班费1000元。如果按照不扣除加班费的标准计算，该劳动者的经济补偿金将基于5000元的月工资标准来计算。而如果扣除加班费，则经济补偿金将基于4000元的月工资标准来计算，这将导致劳动者获得的经济补偿金数额减少。
计算公式（以工作满一年为例）：
综上所述，计算经济补偿金时，加班费应当被纳入计算基数，不应扣除。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。