协议处罚（这里主要指违反行政协议的处理）和行政处罚在特定情形下是可以同时进行的。以下是对这一问题的详细解答：
一、协议处罚与行政处罚的基本区别
协议处罚（违反行政协议的处理）：
- 行政协议是行政机关为实现行政管理或公共服务目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。
- 违反行政协议的处理通常依据协议中的违约责任条款，可能包括支付违约金、赔偿损失等，或者通过行政救济手段（如要求继续履行、采取补救措施）或司法途径（如提起行政诉讼）来解决。
行政处罚：
- 行政处罚是行政机关对违反行政管理秩序的公民、法人或其他组织给予的惩戒。
- 它针对的是违反行政管理法规的行为，目的是纠正违法行为、维护行政管理秩序。
二、协议处罚与行政处罚同时进行的情形
在特定情形下，如果违反行政协议的行为同时违反了行政管理秩序，那么除了处理违反协议的问题外，行政机关还可能对违反行政管理秩序的行为实施行政处罚。例如：
- 企业与政府签订环保相关行政协议：如果企业不仅违反协议约定（如未按时完成环保设施建设），还违反了环保方面的法律法规规定的基本监管要求（如超标排放污染物），那么行政机关在追究其协议违约责任（如要求支付违约金、赔偿损失）的同时，也可能对其违反行政管理秩序的行为（如超标排放）进行行政处罚（如罚款、责令停产整顿）。
三、法律依据与原则
法律依据：
- 根据最高人民法院的相关规定，对于行政机关不依法履行、未按照约定履行协议或者单方变更、解除协议的情况，人民法院可以判决确认协议有效、行政机关继续履行协议，并明确继续履行的具体内容；或者判决行政机关采取相应的补救措施；如果给相对人造成损失，还应判决行政机关予以赔偿。这些规定为处理违反行政协议的情况提供了明确的法律依据。
- 同时，《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律也为行政处罚的适用提供了法律依据。
原则：
- 一事不再罚原则的例外：虽然“一事不再罚”原则在行政法中有所体现，但该原则主要适用于同一性质的处罚（如两个行政处罚），并不排除协议处罚（违反行政协议的处理）与行政处罚的同时适用。因为协议处罚与行政处罚的性质、目的和程序可能不同，所以它们可以同时存在并分别执行。
- 避免重复处罚：在处理协议处罚与行政处罚的关系时，应避免对同一行为进行重复处罚。这要求行政机关在行使职权时保持谨慎和协调，确保处罚的合理性和公正性。
四、结论
综上所述，协议处罚（违反行政协议的处理）和行政处罚在特定情形下是可以同时进行的。这主要取决于违反行政协议的行为是否同时违反了行政管理秩序。如果同时违反，那么行政机关在追究协议违约责任的同时，也可能对违反行政管理秩序的行为进行行政处罚。但无论如何，都应严格遵循法定程序和证据标准，充分保障当事人的合法权益。