支付证明单上建议明确写明“已收款”，以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与规定
在合同纠纷中，支付证明单作为证明款项支付情况的重要证据，其内容的完整性和准确性对于维护当事人的合法权益至关重要。虽然法律并未明确规定支付证明单上必须写明“已收款”，但从证据效力和法律风险的角度考虑，明确标注“已收款”能够更直接、清晰地证明款项已经实际支付，减少因证据不足或证据瑕疵而引发的法律风险。
二、证据效力与风险
证据效力：支付证明单上写明“已收款”能够增强其作为证据的证明力。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据证据的证明力大小来认定案件事实。如果支付证明单上仅标注了支付金额、支付时间等基本信息，而未明确标注“已收款”，那么在对方否认收到款项的情况下，可能需要额外的证据来证明款项已经实际支付，这无疑增加了当事人的举证难度和诉讼风险。
法律风险：如果支付证明单上未写明“已收款”，且对方否认收到款项，那么当事人可能面临败诉的风险。特别是在涉及大额款项支付的情况下，如果因为证据不足而导致败诉，将给当事人带来巨大的经济损失。
三、实际操作建议
明确标注：在填写支付证明单时，建议明确标注“已收款”字样，并由收款人签字确认。这样既能确保支付证明单的完整性和准确性，又能增强其作为证据的证明力。
保留证据：除了支付证明单外，当事人还应保留其他与款项支付相关的证据，如转账记录、收据、发票等。这些证据能够相互印证，形成完整的证据链，进一步降低法律风险。
咨询专业律师：在涉及合同纠纷和款项支付的问题上，如果当事人有任何疑问或不确定的地方，建议及时咨询专业律师。律师能够根据当事人的具体情况和法律法规，提供针对性的法律建议和解决方案。
四、特殊情况考虑
虽然一般情况下建议支付证明单上写明“已收款”，但在某些特殊情况下，如双方已经通过其他方式确认了款项支付情况（如电子邮件、短信等），且这些确认方式具有法律效力的情况下，支付证明单上未写明“已收款”可能不会对当事人的权益产生太大影响。然而，为了降低法律风险，即使在这种情况下，也建议当事人在支付证明单上明确标注“已收款”或采取其他措施来确保证据的完整性和准确性。
综上所述，从法律背景、证据效力、实际操作建议和特殊情况考虑等多个角度来看，支付证明单上建议明确写明“已收款”。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。