结论：借钱超两个月没还被扣一万多是否合法，需根据具体情况判断，主要看双方是否有合法有效的约定以及该约定是否符合法律规定。

分析说明：

1. 有合法约定且符合法律规定的情况：

   • 如果双方在借款时明确约定了逾期还款的违约金或罚息，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定（例如，约定的违约金或罚息未超过法定上限），那么出借人在借款人逾期还款时，有权按照约定扣除相应的金额。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

2. 无合法约定或约定违法的情况：

   • 如果双方没有约定逾期还款的违约金或罚息，或者约定的违约金或罚息过高（超过了法定上限），那么出借人无权擅自扣除借款人的款项。在这种情况下，出借人扣除一万多可能构成违法，借款人可以要求出借人返还多扣的款项，并有权向相关部门投诉或寻求法律救济。
   • 法律依据：同样根据《中华人民共和国民法典》，如果约定的违约金过分高于造成的损失，借款人可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。此外，如果出借人的行为构成侵权或违法，借款人还可以依据相关法律规定追究出借人的法律责任。

行动建议：

• 核实约定：首先，借款人应核实双方在借款时是否有关于逾期还款的违约金或罚息的约定，以及该约定是否合法有效。
• 协商解决：如果出借人擅自扣除了借款人的款项，借款人可以尝试与出借人进行协商，要求返还多扣的款项或调整违约金/罚息的数额。
• 寻求法律救济：如果协商无果，借款人可以向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求出借人返还多扣的款项并承担相应的法律责任。

特殊场景提醒：

• 在某些情况下，即使双方有约定，但如果该约定违反了法律、行政法规的强制性规定（如高利贷等），那么该约定也是无效的。借款人在此情况下同样有权要求出借人返还多扣的款项。

后续思考依据：

• 借款人在处理此类问题时，应充分了解自己的权利和义务，以及出借人的行为是否合法合规。如有需要，可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。

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