借三万扣二千是否合法，这主要取决于扣除的款项性质以及双方之间的约定。以下从不同角度进行分析：
如果扣除的二千元是合理的费用：
- 在某些情况下，借款时可能会扣除一些合理的费用，如手续费、利息预扣等。但这些费用的扣除必须基于双方之间的明确约定，并且不得违反法律法规的强制性规定。
- 若双方约定了扣除手续费等合理费用，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么扣除二千元可能是合法的。但需要注意的是，即使扣除的是合理费用，其金额也不应过高，否则可能构成变相的高利贷，违反相关法律法规。
如果扣除的二千元是利息预扣：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。
- 因此，如果扣除的二千元是作为利息预扣，那么这种做法是不合法的。在这种情况下，借款人应按照实际借款数额（即扣除利息后的金额）来返还借款，并计算相应的利息。
如果扣除的二千元没有合法依据：
- 如果双方没有约定扣除款项的性质，或者扣除的款项没有合法依据（如非法收取的“砍头息”、服务费等），那么这种扣除是不合法的。
- 在这种情况下，借款人可以要求出借人返还被扣除的款项，并有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
法律建议：
- 在借款时，双方应明确约定借款金额、利息、费用等条款，并签订书面合同以明确双方的权利和义务。
- 如果出借人要求扣除款项，借款人应要求出借人说明扣除的款项性质及依据，并确保该扣除不违反法律法规的强制性规定。
- 如果借款人认为出借人的扣除行为不合法或存在争议，可以寻求法律援助或向相关部门投诉以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果出借人非法扣除款项，可能面临被借款人要求返还被扣除款项、支付违约金或赔偿损失等法律责任。
- 在严重情况下，出借人还可能因涉嫌高利贷、非法集资等违法行为而受到刑事处罚。
总之，借三万扣二千是否合法取决于扣除的款项性质及双方之间的约定。在借款时，双方应明确约定相关条款并签订书面合同以避免争议。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询以获取专业的法律意见。